在劳动仲裁中，选择起诉多家公司还是一家公司，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、劳务派遣用工情况
- 可以同时起诉两家公司：在劳务派遣用工模式下，劳动者与劳务派遣单位签订劳动合同，但被派遣至用工单位工作。若发生劳动争议，劳动者可以将劳务派遣单位和用工单位作为共同被申请人，在一个劳动仲裁案件中同时起诉。这是因为劳务派遣单位和用工单位在劳动派遣关系中均负有相应的法律责任，共同起诉有助于全面维护劳动者的合法权益。
二、分公司与总公司情况
- 劳动仲裁阶段通常只能起诉分公司：若劳动者与分公司签订劳动合同，而分公司违法解除劳动合同等，在劳动仲裁阶段，通常只能将分公司作为被申请人。这是因为劳动仲裁机构在立案时，一般会根据劳动合同的相对性原则，要求劳动者起诉与其签订劳动合同的用人单位。
- 法院阶段可追加总公司为共同被告：虽然劳动仲裁阶段可能只能起诉分公司，但在法院诉讼阶段，若分公司没有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担，劳动者可以申请追加总公司为共同被告。这样，在法院审理过程中，可以更全面地审查案件事实，确保劳动者的权益得到充分保障。
三、混同用工情况
- 劳动仲裁阶段通常不能同时起诉两家公司：混同用工是指两家或多家公司之间存在人员混用、管理混同等情况。在劳动仲裁阶段，由于劳动仲裁机构通常只审查劳动合同的相对性，因此劳动者一般不能同时将混同用工的两家公司作为共同被申请人起诉。
- 部分地区法院可能突破劳动合同相对性：然而，在部分地区法院的司法实践中，对于混同用工的情况，法院可能会突破劳动合同的相对性，追加相关公司为共同被告，并判决其承担连带责任。这种做法旨在追求实体公正，确保劳动者的权益不受损害。但需要注意的是，这种做法并非全国统一，具体还需根据当地法院的司法实践来判断。
四、建议与注意事项
- 明确被申请人：在提起劳动仲裁前，劳动者应明确自己的被申请人是谁，确保起诉的对象准确无误。这有助于避免因起诉对象错误而导致的诉讼风险。
- 收集证据：无论选择起诉一家公司还是多家公司，劳动者都应充分收集证据，证明自己的主张。证据包括但不限于劳动合同、工资单、工作证、考勤记录等。
- 咨询专业律师：由于劳动仲裁涉及复杂的法律关系和证据收集问题，因此劳动者在提起劳动仲裁前，最好咨询专业律师的意见。律师可以根据劳动者的具体情况，提供针对性的法律建议和诉讼策略。
如果有具体的劳动仲裁问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供详细的法律解答和诉讼指导。