结论：一般情况下，交通事故处理中若已拿到责任认定书且与保险公司达成赔偿协议，通常无需主动“撤案”，但需根据事故性质和后续需求决定是否需要办理特定手续。以下是具体分析：

1. 交通事故的“案”指的是什么？

交通事故中的“案”通常指行政案件（交警部门处理）或刑事案件（如涉嫌交通肇事罪）。

• 行政案件：交警部门出具责任认定书后，行政处理程序已基本完成，无需单独“撤案”。
  
• 刑事案件：若事故涉及人员重伤、死亡或重大财产损失，且驾驶员负主要责任，可能构成交通肇事罪。此时需通过检察院审查起诉、法院判决等程序结案，个人无法直接“撤案”。

2. 已达成赔偿协议，是否需要额外操作？

• 行政处罚层面：赔偿协议的达成不影响交警部门对违法行为的处罚（如罚款、扣分等），但可能作为从轻处罚的情节。
  
• 民事赔偿层面：与保险公司达成赔偿协议后，保险公司会按约定赔付，此时民事赔偿部分已解决，无需额外手续。
  
• 刑事责任层面：若构成犯罪，赔偿并取得谅解书可能影响量刑（如缓刑），但刑事程序仍需继续，无法因赔偿而“撤案”。

3. 什么情况下需要“撤案”？

• 行政案件：若事故轻微，双方无争议，交警可能直接出具《事故认定书》并结案，无需撤案。
  
• 刑事案件：若检察院作出不起诉决定或法院判决无罪，案件自然终结；若已立案，个人无法主动撤案，需通过司法程序解决。
  
• 误解澄清：部分人可能将“结案”误认为“撤案”，实际上责任认定书出具+赔偿协议达成=民事和行政程序基本结束，无需主动申请撤案。

4. 建议操作

• 保留文件：妥善保存责任认定书、赔偿协议、保险理赔凭证等文件，以备后续需要。
  
• 关注刑事风险：若事故涉及重伤/死亡，建议咨询律师评估刑事责任风险，必要时通过赔偿、谅解等措施争取从轻处理。
  
• 无需主动撤案：除非接到交警或司法机关明确通知，否则无需自行办理“撤案”手续。

总结：交通事故处理中，责任认定书和赔偿协议的达成通常意味着行政和民事程序已基本结束，无需主动撤案。但若涉及刑事责任，需依法配合司法程序。如有具体疑问，可进一步向我咨询细节。