针对您提出的“因房屋不能过户，私下如何立协议”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、协议的基本框架与核心条款
合同主体信息：
- 明确买卖双方的姓名、身份证号、联系方式及地址，确保身份信息的真实性和有效性。这是协议的基础，有助于后续可能出现的纠纷解决。
房屋基本情况：
- 详细记录房屋的坐落位置、面积（需注明是否包含公摊面积）、户型结构、产权证号（如有）以及房屋的使用现状（如自住、出租等）。这些信息有助于明确房屋的具体状况，避免后续因信息不明而产生的纠纷。
交易价格与付款方式：
- 约定房屋的总价款以及支付节点，如定金、首付款、尾款等。同时，明确资金监管方式，如银行托管或第三方见证，以确保资金的安全。
交付时间与标准：
- 确定房屋的交接日期，并列明附属设施清单，如家具、家电、装修情况等。同时，约定验收流程，确保房屋交付时符合双方约定的标准。
风险告知义务：
- 卖方需披露房屋可能存在的抵押、查封、共有权人异议等瑕疵，买方应确认已知悉相关风险。这是保护买方知情权的重要条款。
违约责任条款：
- 设定违约金比例，通常为房款的20%，并明确单方解约、逾期履行等情形的赔偿责任。这有助于约束双方的行为，确保协议的履行。
争议解决机制：
- 优先选择仲裁条款，因为仲裁通常效率更高。或者，也可以约定管辖法院，一般为房屋所在地基层法院。这有助于在出现纠纷时，快速、有效地解决争议。
二、特殊情形的处理方案
小产权房/集体土地房屋：
- 在协议中需特别标注“因政策限制暂无法过户”，并约定若未来政策允许，双方应配合办理过户手续。这有助于明确双方在未来政策变动时的责任和义务。
经济适用房等特殊性质房产：
- 明确限售期截止时间，并约定满足上市条件后30日内启动过户程序。这有助于确保在房产满足上市条件时，双方能够及时办理过户手续。
预告登记/网签备案房屋：
- 要求卖方提供原购房合同、贷款结清证明等材料，并在协议中设置解除前序限制的履约保证金条款。这有助于确保房屋在交易前不存在其他限制或纠纷。
三、风险防范措施
资金安全保障：
- 采用分期付款方式，如签约付30%、交房付50%、过户完成付20%，并每阶段留存书面凭证。这有助于确保资金的安全，避免一次性支付带来的风险。
居住权保障：
- 办理房屋交接公证，并保留水电燃气缴费单据作为实际占有证据。这有助于在出现纠纷时，证明买方已经实际占有并使用房屋。
权利变动预警：
- 定期查询不动产登记簿，发现异常及时主张权利。这有助于及时发现并处理房屋可能存在的权利变动问题，如卖方一房二卖等。
四、法律效力说明
根据《民法典》第二百一十五条的规定，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者合同另有约定外，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同的效力。这意味着，即使房屋不能过户，双方签订的协议仍然具有债权效力。但需要注意的是，未办理物权登记的合同存在以下风险：
- 卖方可能一房二卖，导致买方无法取得房屋所有权。
- 房屋可能被司法拍卖或征收补偿归属产生争议。
- 政策变动可能影响交易的合法性。
因此，在签订协议时，双方应充分了解并评估这些风险，并在协议中明确相应的风险承担和违约责任条款。同时，建议双方在签订协议前咨询专业律师或法律机构，以确保协议的合法性和有效性。