您好，非常理解您对于“法院不起诉但还是要罚款”这一情况的疑惑。这确实是一个在司法实践中容易让人产生误解的问题，下面我将为您详细解释。

首先，需要明确的是，“不起诉”并不等同于“不处罚”。在司法程序中，当检察机关认为犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，或者具有其他法定不起诉情形时，会作出不起诉决定。但这并不意味着犯罪嫌疑人的行为就没有违法性，或者不需要承担任何法律责任。

具体来说，不起诉决定通常只是针对刑事责任而言的。也就是说，检察机关认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪，或者虽然构成犯罪但情节轻微不需要判处刑罚，因此决定不对其提起公诉。然而，这并不排除犯罪嫌疑人可能面临行政处罚的可能性。

行政处罚是行政机关对违反行政法规但尚未构成犯罪的行为所给予的制裁。在司法实践中，如果犯罪嫌疑人的行为同时违反了相关行政法规，那么即使检察机关作出了不起诉决定，行政机关仍然有权对其进行行政处罚，包括罚款等。

以您提到的案例为例，虽然杨某某等人被检察机关作出了不起诉决定，但他们的行为同时违反了《中华人民共和国网络安全法》等相关行政法规，因此泸西县公安局对他们进行了罚款并没收违法所得的行政处罚。

同样地，在何某某的案例中，虽然他因犯罪情节轻微被检察机关作出了不起诉决定，但他的行为仍然违反了相关行政法规，因此公安机关依法对他进行了行政处罚。

综上所述，不起诉并不等于不处罚。在司法实践中，如果犯罪嫌疑人的行为同时违反了相关行政法规，那么即使检察机关作出了不起诉决定，他们仍然可能面临行政处罚。希望这个解释能够帮助您更好地理解这一问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。