结论前置：员工上班突然消失一个月后回来要工资，用人单位是否可以扣款需分情况讨论。

1. 若员工属于无故旷工：

   • 根据《劳动合同法》及相关规定，员工应当遵守用人单位的规章制度，按时出勤。若员工无故旷工一个月，属于严重违反用人单位规章制度的行为。
   • 在此情况下，用人单位有权依据规章制度对员工进行扣款处理，甚至可以解除劳动合同。但扣款金额应当合理，不得超过法定限度，且需确保扣款行为有明确的规章制度依据。

2. 若员工因特殊原因（如突发疾病、意外事件等）未能出勤：

   • 若员工能提供充分证据证明其未能出勤是由于不可抗力或特殊原因导致的，且已及时通知用人单位并说明情况，那么用人单位不应随意扣款。
   • 在此情况下，用人单位应与员工协商解决工资问题，如根据实际情况调整工资发放或安排补班等。

3. 若用人单位规章制度未明确规定旷工扣款：

   • 若用人单位的规章制度中未明确规定旷工的扣款标准或处理方式，那么用人单位在扣款时需谨慎。
   • 此时，用人单位应与员工进行协商，达成一致意见后再进行扣款。若协商不成，用人单位不得擅自扣款，否则可能面临法律风险。

额外建议：

• 无论是哪种情况，用人单位都应确保扣款行为合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
• 员工在遇到此类问题时，也应积极与用人单位沟通，了解扣款原因和依据，必要时可寻求法律援助。
• 为避免类似纠纷的发生，用人单位应完善规章制度，明确旷工等违纪行为的处理方式和扣款标准。