公司在此情况下仍可能承担多项责任，具体分析如下：

1. 违反工时限制的法律责任

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时（一般按每月176小时计算，具体因地区而异）。若员工每月工时超出300小时，即使已支付加班费，公司仍涉嫌违反工时限制。
   • 法律后果：公司可能面临劳动行政部门的警告、责令改正，并可能被处以罚款。若因超时工作导致员工健康受损，公司还需承担相应的民事赔偿责任。

2. 加班费支付合规性审查

   • 尽管公司已支付加班费，但需确认加班费计算基数（如基本工资、岗位工资等）及计算比例（平日150%、休息日200%、法定节假日300%）是否符合法律规定。
   • 法律风险：若加班费计算基数或比例不合法，员工有权要求公司补足差额，并可能主张经济补偿金。

3. 员工健康与安全责任

   • 长期超时工作可能导致员工疲劳、健康受损，甚至引发工伤事故。公司需承担工作场所安全保障义务，包括提供安全的工作环境、必要的劳动保护措施等。
   • 责任承担：若员工因超时工作导致健康问题或工伤，公司需承担医疗费用、伤残赔偿等民事责任，并可能面临行政处罚。

4. 劳动合同与规章制度合规性

   • 公司需确保劳动合同中关于工时、加班的条款合法有效，且规章制度（如加班审批制度）未违反法律法规。
   • 合规建议：公司应定期审查劳动合同及规章制度，确保其符合最新法律法规要求，避免因条款违法而承担法律责任。

5. 员工权益保护与协商机制

   • 公司应建立有效的员工沟通与协商机制，及时了解员工对工时、加班的诉求，避免因信息不对称导致劳动纠纷。
   • 实践建议：公司可定期组织员工座谈会、设立意见箱等方式，收集员工意见，及时调整工时安排，确保员工权益得到保障。

总结与建议： 公司即使已支付加班费，仍需关注工时限制、加班费合规性、员工健康与安全、劳动合同与规章制度合规性以及员工权益保护等方面。建议公司定期进行自查，确保用工行为合法合规，避免因违法用工而承担法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。