案外人作为承包人提出结算工程款的异议申请书，并不必然导致排除执行，能否排除执行需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、异议申请书的法律性质与效力
案外人作为承包人提出的结算工程款异议申请书，本质上是一种对执行标的（即工程款）提出的实体权利主张。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，案外人对执行标的提出异议的，人民法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定中止对该标的的执行；理由不成立的，裁定驳回。
二、能否排除执行的关键因素
异议理由是否成立：
- 承包人需要证明其对工程款享有合法的实体权利，如合同约定、实际施工事实、已完成的工程量及对应的价款等。
- 若承包人能提供充分证据证明其异议理由成立，如工程款计算错误、已支付部分款项未扣除、存在质量保证金等应扣除款项但未扣除等，则人民法院可能裁定中止执行。
执行程序的阶段：
- 在执行程序初期，若承包人及时提出异议，且异议理由充分，人民法院更可能考虑中止执行，以保障案外人的合法权益。
- 若执行程序已接近尾声或已完成，承包人提出异议的难度和成本将增加，且中止执行的可能性相对降低。
其他债权人的利益平衡：
- 人民法院在审查案外人异议时，还需考虑其他债权人的利益。若中止执行可能损害其他债权人的合法权益，人民法院可能更为谨慎地处理异议申请。
三、实际操作建议
及时提出异议：
- 承包人应在知道或应当知道执行程序启动后，尽快提出结算工程款的异议申请书，以避免执行程序过度推进导致难以挽回的损失。
准备充分证据：
- 承包人应准备充分的证据材料，如施工合同、工程量清单、付款凭证、质量验收报告等，以证明其对工程款享有合法的实体权利。
寻求专业法律帮助：
- 由于执行程序涉及复杂的法律问题和程序要求，承包人可寻求专业律师的帮助，以确保异议申请书的合法性和有效性。
四、法律后果
- 若异议成立：人民法院将裁定中止对该工程款的执行，承包人可进一步通过诉讼或其他方式主张其权利。
- 若异议不成立：人民法院将裁定驳回异议申请，执行程序将继续进行。承包人若认为裁定有误，可依法提起执行异议之诉。
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