结论前置：进藏时若不慎撞死牦牛，保险公司是否理赔需分情况讨论，具体取决于保险类型、事故责任认定及当地政策。以下是详细分析：

1. 交强险是否理赔？

• 若车辆投保了交强险：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，交强险主要赔偿因交通事故造成的第三者人身伤亡和财产损失。牦牛作为牲畜，属于财产范畴，若事故被认定为机动车一方责任（如未避让牲畜、超速等），保险公司通常需在交强险财产损失限额（2000元）内赔偿。
• 例外情况：若事故完全由牦牛主人管理不善导致（如牦牛突然闯入机动车道且主人未尽看管义务），可能减轻或免除机动车方责任，此时交强险可能不赔或按比例赔付。

2. 商业车险是否理赔？

• 若投保了第三者责任险：该险种可补充交强险的赔偿限额。若事故责任在机动车方，且损失超过交强险限额，商业险可继续赔偿，但需注意：
  • 保险合同中可能约定“野生动物”或“未登记牲畜”的免责条款，但牦牛通常属于家畜，一般不适用免责；
  • 需提供事故现场照片、交警责任认定书等证据，证明事故真实性及责任划分。
• 若未投保第三者责任险：则需自行承担超出交强险部分的损失。

3. 当地政策与特殊规定

• 西藏地区特殊性：部分牧区可能对牲畜伤亡有地方性补偿政策（如政府或牧民协会提供部分补贴），但此类政策与保险理赔无关，需单独申请。
• 民族习惯与协商：若与牦牛主人协商赔偿，需注意当地习俗（如藏族对牲畜的重视），建议通过交警或当地调解机构处理，避免直接冲突。

4. 操作建议

• 立即报警并保留证据：联系交警出具事故责任认定书，拍摄现场照片、视频，记录牦牛主人信息；
• 及时报案：48小时内向保险公司报案，按要求提交材料；
• 协商与诉讼：若与牦牛主人就赔偿金额无法达成一致，可申请交警调解或通过诉讼解决。

总结：保险公司是否理赔需结合保险类型、责任认定及证据充分性。建议优先通过交强险和商业险理赔，同时注意当地政策与协商技巧。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。