结论：是否留下不听老板指挥的公司员工，需结合具体情况判断，包括员工行为性质、公司制度、劳动合同约定及法律后果等多方面因素。

1. 员工行为性质

• 轻微违纪：若员工仅偶尔不听指挥，但未造成严重后果（如未影响工作进度、未损害公司利益），可视为轻微违纪。此时，公司可通过沟通、培训或警告等方式纠正，无需立即解雇。
• 严重违纪：若员工长期、故意不听指挥，且行为严重违反公司制度或劳动合同（如拒绝执行关键任务、破坏工作秩序），可能构成严重违纪。根据《劳动合同法》第三十九条，公司可解除劳动合同且无需支付经济补偿。

2. 公司制度与劳动合同

• 制度合法性：公司需确保规章制度（如《员工手册》）已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论），并向员工公示。若制度未公示或程序不合法，解雇可能被认定为违法。
• 合同约定：劳动合同中若明确约定员工需服从指挥，且员工行为违反该约定，公司可依据合同解除劳动关系。但需注意，合同条款不得违反法律强制性规定（如不得约定“员工必须无条件服从”）。

3. 法律后果与风险

• 合法解雇：若员工行为构成严重违纪，且公司制度、程序合法，解雇行为通常合法，无需支付赔偿。但需保留证据（如书面警告、监控录像、同事证言等）。
• 违法解雇：若解雇依据不足（如制度未公示、行为未达严重程度），员工可能主张违法解除，要求支付赔偿金（2N，N为工作年限）。此外，若解雇涉及歧视、报复等，还可能面临行政处罚或民事赔偿。

4. 替代方案

• 调岗或培训：若员工能力或态度问题导致不听指挥，可考虑调岗至适合岗位，或提供培训提升其技能。
• 协商解除：若双方关系已恶化，可协商解除劳动合同，支付经济补偿（N或N+1），避免诉讼风险。

5. 操作建议

• 调查取证：解雇前需充分调查，固定员工违纪证据（如书面记录、视频、邮件等）。
• 通知工会：根据《劳动合同法》第四十三条，解雇前需通知工会（如有），并听取工会意见。
• 书面通知：解雇决定需以书面形式送达员工，并说明理由和依据。

总结：是否留下不听指挥的员工，需综合评估行为性质、制度合法性及法律风险。若行为轻微，可优先通过沟通或培训解决；若行为严重且制度合法，可依法解雇；若风险较高，可考虑协商解除。如有具体案例或证据，建议直接向我咨询，以便进一步分析。