针对您提出的“商调函发出后，对方不同意调档案该怎么办”的问题，以下是我的详细解答：
一、理解商调函调档案的基本流程
首先，我们需要明确商调函调档案的基本流程。这通常包括发函单位（拟接收档案单位）开具商调函、收函单位（原档案存放单位）接收并审核商调函、通知被调人员办理档案调出手续、办理档案调出及转递、发函单位接收并存档等环节。在整个过程中，任何环节的变动或异议都可能影响档案的顺利调动。
二、对方不同意调档案的可能原因及应对策略
对方对商调函内容有异议：
- 原因：收函单位可能认为商调函中的信息不准确、不完整，或者对商调原因有疑问。
- 应对策略：与收函单位进行沟通，了解其具体异议点，并尽快提供补充材料或解释说明，以消除对方的疑虑。
对方内部规定或政策限制：
- 原因：收函单位可能因内部规定、政策限制或人事安排等原因，不同意调出档案。
- 应对策略：
- 协商解决：尝试与收函单位进行协商，看是否可以找到双方都能接受的解决方案，如调整调动时间、方式等。
- 寻求上级或相关部门协助：如果协商无果，可以考虑向收函单位的上级主管部门或相关政府部门寻求协助，了解是否有其他途径可以解决。
对方认为调动不符合规定或程序：
- 原因：收函单位可能认为调动行为不符合相关规定或程序，如未经过必要的审批流程。
- 应对策略：确保调动行为符合所有相关规定和程序，包括但不限于获得必要的审批、填写完整的商调函等。如果确实存在程序上的问题，应尽快补正。
三、法律建议及后续行动
法律建议：
- 在处理此类问题时，务必保持沟通渠道的畅通，及时了解对方的意见和需求。
- 确保所有行为都符合法律法规和相关政策的规定，避免因程序不当或内容错误而导致的问题。
- 如果对方坚持不同意调档案，且协商无果，可以考虑通过法律途径解决，但在此之前应充分评估法律风险和成本。
后续行动：
- 根据对方的反馈和具体情况，调整调动方案或寻找其他解决方案。
- 如果决定通过法律途径解决，应尽快咨询专业律师，了解相关法律程序和可能的结果。
- 在整个过程中，保持与发函单位和收函单位的密切沟通，确保信息的及时传递和问题的及时解决。
最后，商调函调档案是一个涉及多个环节和单位的复杂过程。在遇到对方不同意调档案的情况时，应首先了解对方的具体原因和需求，然后尝试通过沟通、协商或寻求上级协助等方式解决问题。如果问题复杂或难以解决，可以考虑通过法律途径解决，但在此之前应充分评估法律风险和成本。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。