未备案的工程专用章签订的合同，并不必然无效。以下是对此问题的详细分析：
一、合同效力的基本判断
真实性与合法性：
- 合同的有效性主要取决于合同内容是否真实反映了双方当事人的意愿，以及合同条款是否符合法律法规的强制性规定。若使用未备案的工程专用章签订的合同，其内容真实、合法，且双方当事人在签订合同时均表现出了真诚而明确的意向，那么该合同通常会被认定为有效。
备案并非合同生效的必要条件：
- 备案程序主要是为了便于管理和监督，而非合同生效的必要条件。因此，即使工程专用章未进行备案，也不影响合同的法律效力。
二、未备案工程专用章可能带来的问题
举证困难：
- 在合同履行或发生争议时，若工程专用章未进行备案，可能会给证明其真实性和效力带来困难。例如，在诉讼过程中，对方可能以印章未备案为由质疑合同的真实性，此时需要提供其他证据来证明合同的真实性和合法性。
公众认可度：
- 未备案的工程专用章在公众认可度上可能较低，这可能会影响合同的履行和商业信誉。因此，在实际操作中，建议尽量使用已备案的印章以减少潜在风险。
三、特殊情况下的合同效力
交易习惯认可：
- 在长期商业往来中，若交易双方已形成使用特定未备案工程专用章的习惯，且双方均认可其效力，那么该印章的使用可能被视为有效。但这种情况需要具体分析，且存在一定的法律风险。
实际履行情况：
- 如果双方已经按照合同约定实际履行了主要义务，那么即使工程专用章未进行备案，法院也可能会认定合同有效。这是因为实际履行行为表明了双方对合同内容的认可和遵守。
四、法律建议
尽量使用已备案印章：
- 为了避免潜在的法律风险和举证困难，建议在使用工程专用章签订合同时尽量选择已备案的印章。
完善合同条款：
- 在签订合同时，应仔细审查合同条款，确保其符合法律法规的要求，并明确双方的权利和义务。这有助于在发生争议时提供有力的法律依据。
保留相关证据：
- 在合同履行过程中，应妥善保留与合同相关的所有证据，如往来邮件、付款凭证、交货单等。这些证据在发生争议时可能起到关键作用。
如有任何关于合同纠纷或建设工程领域的法律问题，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。