未完成登记备案程序的合同专用章所签署的合同并不必然无效。以下是对此问题的详细分析：
合同专用章未备案的合同效力
一般原则：
- 从法律原则上看，合同专用章的备案并非合同生效的必要条件。只要合同专用章真实可靠，且缔约双方在签订合同时都表现出了真诚而明确的意向，条款内容符合法定标准，那么无论是否已进行过登记备案手续，此类合同均会被法律认可其有效性。
真实性与合法性：
- 合同的有效性主要取决于合同内容的真实性、合法性以及双方当事人的真实意思表示。如果合同专用章虽然未备案，但能够证明其是公司真实使用的印章，且合同内容不违反法律法规的强制性规定，那么合同通常会被认定为有效。
合同专用章未备案可能带来的问题
举证困难：
- 在合同履行过程中或发生争议时，若合同专用章未登记备案，可能会给证明其真实性和效力带来困难。例如，在诉讼中，对方可能质疑合同专用章的真实性，从而要求提供更多的证据来证明合同的效力。
公众认可度：
- 未备案的合同专用章在公众认可度上可能较低。这可能会影响合同的履行和商业信誉，尤其是在需要第三方（如银行、政府部门等）认可或协助的情况下。
特殊情况下的合同效力
交易习惯认可：
- 在长期商业往来中，若交易双方已形成使用特定合同专用章的习惯，即使该印章存在形式瑕疵（如未备案），但双方均认可其效力，则合同仍可能被认定有效。这主要基于双方的交易习惯和诚信原则。
实际履行情况：
- 如果双方已经按照合同约定实际履行了主要义务，法院可能会认定合同有效。这是因为实际履行行为表明了双方对合同内容的认可和接受。
建议与措施
完善备案手续：
- 为了避免潜在的纠纷和风险，建议企业在使用合同专用章前完成相关的备案手续。这可以提高合同的证明力和公众认可度。
加强内部管理：
- 企业应建立完善的合同专用章管理制度，明确印章的使用范围、权限和审批程序。这可以防止印章的滥用和误用，保障合同的合法性和有效性。
保留相关证据：
- 在签订合同时，建议双方保留与合同相关的所有证据和文件，如会议纪要、邮件往来、付款凭证等。这些证据可以在发生争议时提供有力的支持。
总结来看，虽然未完成登记备案程序的合同专用章所签署的合同并不必然无效，但为了避免潜在的纠纷和风险，建议企业在使用合同专用章前完成相关的备案手续，并加强内部管理以保障合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。