核心结论：虚开发票侵占公司3000元属于违法行为，可能同时涉及行政责任和刑事责任，具体处理方式需结合行为性质、金额及情节严重程度判断。以下是分情况说明：

1. 若行为定性为“虚开发票”

根据《发票管理办法》第二十二条，虚开发票指为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或让他人为自己开具、介绍他人开具此类发票。即使金额仅3000元，仍可能面临：

• 行政处罚：由税务机关责令改正，没收违法所得，并处1万元以下罚款；情节严重的，处1万元以上5万元以下罚款。
• 刑事风险：若虚开发票行为同时符合《刑法》第二百零五条之一（虚开发票罪）的构成要件（如多次虚开、造成税款损失等），即使单次金额3000元未达刑事立案标准（通常虚开税额需5万元以上），但若累计金额或情节达到“情节严重”，仍可能被追究刑事责任。

2. 若行为定性为“职务侵占”

根据《刑法》第二百七十一条，职务侵占罪指公司、企业人员利用职务便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。3000元是否构成犯罪需分情况：

• 未达刑事立案标准：多数地区职务侵占罪的立案标准为6万元以上（部分省份如上海为3万元），3000元通常不构成犯罪，但公司可依据内部规章制度追究民事责任，要求返还侵占款项并赔偿损失。
• 特殊情形：若行为人多次实施小额侵占（如每月侵占3000元，累计达6万元），或存在其他恶劣情节（如伪造账目、胁迫同事配合），可能被认定为“数额较大”或“情节严重”，从而构成犯罪。

3. 公司内部处理建议

• 立即止损：公司应固定证据（如发票、转账记录、证人证言），暂停涉事人员职务，防止继续侵占。
• 协商或追偿：若行为人承认错误并愿意退还，可签订书面还款协议；若拒绝，公司可提起民事诉讼，要求返还3000元及利息。
• 行政举报：向税务机关举报虚开发票行为，由税务机关调查并处罚。
• 刑事报案：若金额累计达刑事标准或存在其他严重情节，向公安机关经侦部门报案。

4. 行为人法律风险

• 行政处罚：无论是否构成犯罪，虚开发票行为均可能被税务机关处罚。
• 刑事追责：若累计金额或情节达到刑事标准，可能面临3年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大的，处3年以上10年以下有期徒刑，并处罚金。
• 职业限制：构成犯罪的，将留下案底，影响未来就业（如无法从事财务、法务等敏感岗位）。

温馨提示：法律对虚开发票和职务侵占的打击力度逐年加强，即使金额较小，也可能因“情节严重”被追责。建议行为人主动退还钱款、配合调查，争取从轻处理；公司应完善财务制度，加强发票审核和员工法律培训，避免类似风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理方案。