关于乙方干活后甲方拿来的相关方入厂安全协议盖章是否有效的问题，这并非一个简单的“是”或“否”能够回答，需要从多个角度进行深入分析：
协议内容合法性：
- 首先，要审查这份入厂安全协议的内容是否合法。协议中的条款必须符合国家法律法规的规定，不能包含违法或侵犯乙方权益的内容。例如，协议不能要求乙方承担超出合理范围的安全责任，或者免除甲方应承担的安全义务。
- 如果协议内容存在违法或不合理之处，那么即使乙方盖章了，这份协议也可能因为内容违法而无效。
双方真实意思表示：
- 其次，要确认乙方在盖章时是否出于真实意思表示。如果乙方是在被胁迫、欺诈或者重大误解的情况下盖章的，那么这份协议可能因为缺乏乙方的真实意思表示而无效。
- 例如，如果甲方以不支付工程款为威胁，要求乙方必须盖章，那么乙方的盖章行为就可能不是其真实意思表示。
协议签订程序：
- 此外，还需要考虑协议的签订程序是否合法。一般来说，协议的签订应该遵循自愿、平等、公平、诚实信用的原则。如果甲方在签订协议过程中存在违反这些原则的行为，比如利用优势地位强迫乙方接受不合理的条款，那么这份协议也可能因为签订程序不合法而无效。
协议对双方权利义务的影响：
- 最后，要分析这份协议对双方权利义务的具体影响。如果协议中的条款对乙方明显不利，比如要求乙方承担过多的安全责任，而甲方却几乎不承担任何责任，那么这份协议可能因为显失公平而无效。或者，如果协议中的条款与双方之前达成的口头或书面协议存在冲突，那么也需要进一步考虑这份协议的效力问题。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 在盖章前，务必仔细阅读协议内容，确保自己完全理解并同意其中的条款。
- 如果对协议内容有任何疑问或不满，应及时与甲方沟通协商，寻求修改或补充协议的可能性。
- 如果认为协议存在违法、不合理或显失公平的情况，建议不要轻易盖章，并可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师的意见。
如果后续因为这份协议产生了纠纷，您需要根据具体情况采取相应的法律措施来维护自己的权益。例如，如果因为协议内容违法而导致您遭受了损失，您可以考虑向法院提起诉讼要求甲方承担赔偿责任；如果因为协议签订程序不合法而导致协议无效，您可以要求重新签订协议或者寻求其他合理的解决方案。
如果您在处理这类问题时遇到任何困难或疑问，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的法律建议。