核心结论：是否可以申请劳动仲裁需分情况讨论，关键在于双方是否构成劳动关系。若构成劳动关系，用人单位未缴纳社保可申请劳动仲裁；若不构成劳动关系，则无法通过劳动仲裁解决。以下是具体分析：

1. 若双方构成劳动关系

根据《劳动法》《社会保险法》规定，用人单位必须为劳动者缴纳社保。若已签订合作协议，但实际履行中符合劳动关系特征（如：劳动者受用人单位管理、从事用人单位安排的工作、获得固定劳动报酬等），则双方实质为劳动关系。此时：

• 可申请劳动仲裁，主张用人单位补缴社保、支付经济补偿等；
  
• 法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第二条，因社会保险发生的争议属于劳动仲裁受理范围。
  

建议：收集工资支付记录、考勤记录、工作证等证据，证明劳动关系存在，再向劳动仲裁委申请仲裁。

2. 若双方不构成劳动关系（如民事合作关系）

若合作协议明确约定双方为平等主体间的合作关系（如：一方提供技术、另一方支付报酬，双方自主安排工作），则不属于劳动关系，社保问题不归劳动仲裁管辖。此时：

• 无法申请劳动仲裁，但可依据《民法典》合同编，通过法院起诉要求对方履行合作协议中的义务（如支付报酬）；
  
• 例外：若合作协议中约定了社保缴纳条款，对方未履行，可主张其承担违约责任。
  

建议：仔细审查合作协议条款，明确双方权利义务，再选择诉讼或协商解决。

关键提醒

社保争议通常需先通过劳动行政部门投诉（如社保局），要求用人单位补缴；若涉及经济补偿等权益，再申请劳动仲裁。具体流程可进一步向我咨询，我会结合您的实际情况详细解答。