员工违纪未被发现，后续发现时处理，并不视同公司默认该违纪行为。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、公司规章制度的角度
公司规章制度是公司管理员工、规范员工行为的重要依据。当员工违反公司规章制度时，公司有权根据规章制度对员工进行相应的处理。这种处理并不受时间限制，即无论违纪行为是何时发生的，只要公司发现并查实，就有权依据规章制度进行处理。因此，员工违纪未被发现，后续发现时处理，并不构成公司对该违纪行为的默认。
二、劳动合同法的角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者应当遵守用人单位的规章制度。如果劳动者违反规章制度，用人单位有权依法进行处理，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。这些处理措施并不受违纪行为被发现时间的影响。只要用人单位能够证明员工的违纪行为，并依据合法有效的规章制度进行处理，就是合法的。
三、实际操作中的注意事项
规章制度的有效性：公司处理员工违纪行为时，必须确保所依据的规章制度是合法有效的。这包括规章制度的制定程序合法、内容合法以及已经向员工公示或告知等。
证据的充分性：公司在处理员工违纪行为时，必须确保有充分的证据证明员工的违纪行为。这包括但不限于监控录像、证人证言、书面记录等。如果证据不足，公司可能无法对员工进行有效的处理。
处理的合理性：公司在处理员工违纪行为时，必须确保处理措施是合理的。这包括处理措施与违纪行为的性质、情节以及后果相适应等。如果处理措施过于严厉或不合理，可能会引发劳动争议或法律纠纷。
四、可能的法律后果
如果公司未能在发现员工违纪行为后及时进行处理，或者处理措施不当，可能会引发以下法律后果：
员工申诉或提起劳动争议：员工可能会认为公司的处理措施不公平或不合理，从而向公司申诉或提起劳动争议。
公司承担法律责任：如果公司的处理措施违反了法律法规或劳动合同的规定，公司可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于支付赔偿金、恢复劳动关系等。
建议：公司应建立健全的规章制度，并确保其合法有效；同时，应加强对员工行为的监督和管理，及时发现并处理员工的违纪行为。如果员工对公司的处理措施有异议，可以通过合法途径进行申诉或维权。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。