休年假通常不会被扣全勤，但具体是否扣除需依据公司规章制度及法律规定来判断。以下从不同角度为您详细分析：
法律规定与年休假性质
根据《职工带薪年休假条例》，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，这是法律赋予劳动者的法定权利。在年休假期间，劳动者享受与正常工作期间相同的工资收入，这意味着休年假属于劳动者的正常出勤范畴，用人单位应支付全额工资，而不应将其视为缺勤。
全勤的定义与年休假的关系
全勤通常指员工在一个考勤周期内，按照用人单位的正常工作制度，未出现迟到、早退、旷工、请假（除法定的带薪假期外）等缺勤情况。由于年休假是劳动者的法定带薪假期，员工休年休假是合法行使自己的权利，并非无故缺勤或违反公司考勤制度，因此不应将休年休假认定为缺勤，进而扣除全勤奖。
公司规章制度的影响
尽管法律规定了年休假的性质和待遇，但具体是否扣除全勤还需参考公司的规章制度。有些公司可能将年休假视为带薪假，不影响全勤考核；而有些公司可能有不同规定，比如将休年假视为请假的一种，从而可能影响全勤的评定。
规章制度的合法性判断
如果公司规章制度中规定休年假扣除全勤奖，我们需要从以下几个方面判断其合法性：
程序合法性：规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者。
内容合法性：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，即不能违背《劳动法》、《职工带薪年休假条例》等相关法律法规。如果规章制度规定休年假扣除全勤奖，但这一规定与法律法规相悖，那么该规定可能被视为无效。
合理性考量：即使规章制度经过合法程序制定，且内容不违反法律法规，但如果其规定明显不合理，损害了劳动者的合法权益，也可能被认定为无效。例如，如果公司规定休年假必须扣除全勤奖，且这一规定没有合理的解释或依据，那么该规定可能被视为不合理。
法律建议
了解公司规章制度：员工应仔细查阅公司员工手册或咨询人事部门，了解公司关于年休假和全勤的具体规定。
维护自身权益：如果公司规章制度中关于休年假扣除全勤奖的规定不合理或违法，员工有权提出异议，并可以通过与公司沟通、向劳动监察部门投诉或寻求法律援助等方式维护自己的合法权益。
总结来说，休年假通常不应扣全勤，但具体执行需结合公司规章制度及法律规定来判断。如果您对此有疑问或遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。