挂靠人将工程再转包，被挂人与被转包人直接结算，确实存在损害挂靠人利益的可能性，但具体是否构成损害，需结合多种因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系与合同效力
挂靠行为的违法性：
- 根据《建筑法》第26条，禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。挂靠行为因违反法律强制性规定，通常被认定为无效。
- 挂靠人与被挂靠人之间的挂靠协议无效，被挂靠人与发包人签订的建设工程施工合同亦可能因“通谋虚伪意思表示”而无效。
转包行为的违法性：
- 转包同样违反《建筑法》及相关规定，转包导致的施工合同无效。合同无效意味着双方无法依据合同条款主张权利或承担义务，但可能根据实际履行情况参照合同约定折价补偿。
二、结算行为的法律后果
被挂人与被转包人直接结算的合法性：
- 若被挂人与被转包人直接结算，且该结算行为未经挂靠人同意或授权，则可能构成无权代理或超越代理权的行为。
- 根据《民法典》相关规定，无权代理或超越代理权的行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。因此，若挂靠人未追认该结算行为，则该结算对挂靠人不产生法律效力。
对挂靠人利益的损害：
- 若被挂人与被转包人直接结算，且结算金额低于挂靠人实际应得的工程款，则挂靠人的利益将受到损害。
- 此外，若被挂靠人因结算行为而免除了对挂靠人的部分或全部责任，如工程质量责任、工期责任等，则挂靠人可能因被挂靠人的免责而承担更大的风险。
三、例外情形与风险防范
例外情形：
- 若发包人明知挂靠事实，且实际接受挂靠人的施工行为，则双方可能形成事实上的建设工程施工合同关系。此时，挂靠人可能依据相关法律规定，直接向发包人主张权利，包括工程款结算等。
- 若被挂靠人怠于向发包人主张工程款，挂靠人可依据《民法典》的代位权制度，以自己名义代位行使被挂靠人对发包人的债权。但代位权行使需满足一定条件，如被挂靠人对发包人享有合法债权、被挂靠人怠于行使债权等。
风险防范：
- 挂靠人应在挂靠协议中明确约定工程款结算方式、被挂靠人与被转包人结算的限制条件等，以防止被挂靠人与被转包人直接结算损害其利益。
- 挂靠人应加强对工程款结算的监管，确保结算行为符合合同约定和法律规定。
- 若发生结算纠纷，挂靠人应及时咨询专业律师，通过法律途径维护自身权益。
四、具体建议
- 审查合同条款：挂靠人应仔细审查挂靠协议和转包协议中的条款，确保自身权益得到充分保障。特别是关于工程款结算、违约责任等关键条款，应明确约定并严格执行。
- 加强沟通与协调：挂靠人应与被挂靠人、被转包人保持密切沟通，及时了解工程款结算情况，防止被挂靠人与被转包人直接结算损害其利益。
- 及时采取法律措施：若发现被挂靠人与被转包人直接结算可能损害其利益，挂靠人应及时采取法律措施，如发出律师函、提起诉讼等，以维护自身权益。
总结来看，挂靠人将工程再转包，被挂人与被转包人直接结算，确实存在损害挂靠人利益的可能性。挂靠人应加强对工程款结算的监管，明确合同条款，加强沟通与协调，并及时采取法律措施以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。