针对您提出的问题，即合同签署的是一家公司，但社保和发工资是另一个公司主体的情况，这确实是一个在现实中可能存在，但潜藏诸多法律风险和实际问题的安排。以下是对此问题的详细分析：

法律层面分析

1. 劳动关系认定：

   • 根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》，劳动关系的成立需满足多项条件，包括用人单位和劳动者的主体资格、劳动者受用人单位管理并从事有报酬的劳动等。当社保缴纳与工资发放单位不一致时，劳动关系的认定可能变得模糊，这可能导致在工伤认定、经济补偿等劳动纠纷中，两家公司互相推诿责任，劳动者的权益难以得到保障。

2. 社保缴纳合规性：

   • 社保缴纳应与劳动关系相匹配。依据《中华人民共和国社会保险法》的规定，用人单位需在用工之日起三十日内为职工办理社保登记。若缴纳社保的公司与实际建立劳动关系的公司不符，可能被社保部门认定为违规，从而面临罚款等处罚。

3. 税务风险：

   • 工资薪金发放与社保缴纳涉及企业所得税和个人所得税的处理。若两者主体不一致，可能引起税务机关的质疑，要求提供更多证明材料。同时，个人所得税申报信息不匹配也可能导致税务风险。

对劳动者的影响

• 权益认定复杂：在工伤认定、经济补偿计算等问题上，可能因工资与社保主体不一致而产生争议，增加维权难度。
• 社保待遇影响：部分地区可能因工资与社保主体不符而影响劳动者享受某些社保待遇，如医保报销、养老金申请等。
• 劳动关系认定困难：在劳动争议中，不一致的主体可能导致劳动关系认定困难，使劳动者处于不利地位。

对企业的影响

• 法律合规风险：企业可能面临劳动监察部门、社保部门的处罚，如罚款等。
• 劳动争议风险：增加企业在法律应对上的不利地位和败诉风险。
• 税务问题：工资和社保分别由不同单位处理可能引起税务部门的疑问和额外解释需求，甚至可能被指控偷税漏税。
• 声誉影响：影响公司声誉，降低信用度和竞争力，甚至可能受到监管部门调查和处理。

应对措施与建议

1. 规范用工关系：

   • 企业应明确劳动者的劳动关系归属，确保由建立劳动关系的公司同时负责社保缴纳和工资发放。
   • 如因特殊原因需分开处理，应签订明确的委托协议，并向劳动者书面说明，以保障劳动者的知情权。

2. 完善相关手续：

   • 发工资的公司在发放工资时，应向社保缴纳公司获取社保缴纳凭证等资料，以证明关联性。
   • 确保税务申报时准确提供相关信息，避免税务风险。

3. 保障劳动者权益：

   • 劳动者应关注自己的社保缴纳和工资发放情况，发现问题及时与企业沟通协商。
   • 必要时，劳动者可以向相关部门反映问题，寻求帮助。

4. 咨询专业意见：

   • 在特殊情况下，企业和员工应咨询专业律师或相关机构，寻求合法合规的解决方案。

综上所述，虽然法律上并未明确禁止一家公司发放工资而另一家公司缴纳社保的情况，但实际操作中需谨慎处理以确保合规性并保障各方权益。建议企业和劳动者充分了解相关法律法规，采取必要措施降低潜在风险，并在必要时咨询专业律师以确保合规性和权益保护。