结论前置：没有施工许可证，原则上不建议支付预付款，但具体是否支付需结合合同约定、项目性质及风险承受能力综合判断。以下从法律风险、合同条款、实务操作三个角度展开分析：

1. 法律风险角度：无证施工可能构成违法，预付款支付需谨慎

根据《建筑法》第六十四条，未取得施工许可证擅自施工的，由县级以上建设主管部门责令改正，处工程合同价款1%-2%的罚款。若项目因无证被叫停，可能导致：

• 预付款无法用于合法施工：款项可能因工程停滞而闲置，甚至被挪用；
• 发包方承担连带责任：若承包方无资质或违规操作，发包方可能因选任过失被追责；
• 合同效力存疑：无证施工的合同可能被认定为“违反法律强制性规定”，导致预付款返还纠纷。

建议：支付预付款前，务必核实施工许可证办理进度，或要求承包方提供“许可证正在办理”的书面承诺及政府受理回执。

2. 合同条款角度：预付款支付条件需明确约定

若合同中已约定“预付款支付不以施工许可证为前提”，则发包方可能需按约付款，但需注意：

• 风险分配条款：合同应明确“若因无证导致工程停工，承包方需返还预付款并赔偿损失”；
• 付款节点设计：可将预付款拆分为“定金”和“进度款”，定金比例控制在合同总额的20%以内（符合《民法典》定金罚则），进度款与许可证办理进度挂钩；
• 违约责任对等：若承包方未按时办证，发包方有权暂停付款并索赔。

示例条款：
“甲方于合同签订后5日内支付预付款的30%，剩余70%于乙方取得施工许可证后3日内支付。若乙方未能在XX日内办证，甲方有权解除合同并要求返还已付款项。”

3. 实务操作角度：分情况处理预付款支付

• 情况1：项目紧急，许可证正在办理
  可支付少量预付款（如不超过合同总额的10%），并要求承包方提供等额担保（如银行保函），同时约定“许可证下发后补足剩余款项”。

• 情况2：承包方拒绝办证或资质存疑
  立即停止付款，并书面催告其办证。若超期未办，可依据《民法典》第五百六十三条解除合同，要求返还预付款并赔偿损失。

• 情况3：政府特批项目（如抢险救灾工程）
  虽可免于施工许可证，但需确认项目是否属于《建筑工程施工许可管理办法》规定的豁免范围，并留存政府批文作为付款依据。

最后提醒：预付款支付需平衡项目进度与法律风险，建议签订合同时明确“许可证办理”为付款前置条件，并保留付款审批的内部流程记录（如会议纪要、审批单）。若已支付预付款但未办证，可委托律师发送《律师函》催告办证，降低后续纠纷风险。

如有具体合同或项目情况，可进一步提供细节，我将为您定制风险防控方案。