结论：在申请仲裁后，公司联系要发工资并要求提供微信收款码进行转账，这一行为本身并不违法，但您需要谨慎对待，确保整个过程的合法性和安全性。
一、从法律角度分析
工资支付方式：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资。工资支付方式可以包括现金、银行转账等，但并未明确禁止通过微信等第三方支付平台进行转账。
- 因此，从法律层面讲，公司通过微信转账支付工资并不违法。
仲裁期间的工资支付：
- 在劳动仲裁期间，如果仲裁结果尚未出来，但公司愿意主动支付工资，这通常被视为公司愿意履行其义务的表现。
- 然而，您需要确保这笔转账是公司对之前欠薪的补发，而不是作为对仲裁的妥协或条件。
收款码的安全性：
- 提供微信收款码本身并不涉及法律问题，但您需要确保收款码的安全性，避免被不法分子利用进行诈骗或其他违法活动。
- 建议在提供收款码前，确认对方的身份和转账目的，并保留好转账记录和相关证据。
二、从实际操作角度分析
确认转账目的：
- 在提供微信收款码前，您应当与公司明确转账的具体目的和金额，确保这笔转账是对您应得工资的支付。
- 如果公司提出其他条件或要求，您应当谨慎考虑，并咨询专业律师的意见。
保留证据：
- 无论公司通过何种方式支付工资，您都应当保留好转账记录、工资条等相关证据，以备不时之需。
- 这些证据在后续的仲裁或诉讼过程中可能起到关键作用。
继续仲裁程序：
- 即使公司已经支付了工资，您仍然可以继续进行仲裁程序，以维护自己的其他合法权益（如经济补偿金、加班费等）。
- 仲裁程序的结果可能对您未来的权益产生重要影响，因此不建议因公司支付工资而轻易放弃。
三、建议与注意事项
谨慎对待：
- 在提供微信收款码前，请务必确认公司的身份和转账目的，避免陷入诈骗或其他违法活动的风险中。
咨询专业律师：
- 如果您对公司的转账行为或仲裁程序有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师的意见。
- 我作为专业律师，可以为您提供婚姻家庭、离婚、离婚财产纠纷、抚养权、劳动纠纷、工伤赔偿、遗产继承等领域的法律咨询和服务。
保护个人隐私：
- 在提供个人信息（如微信收款码）时，请注意保护个人隐私和安全，避免泄露给不必要的人员或机构。
综上所述，虽然公司通过微信转账支付工资并不违法，但您需要谨慎对待这一行为，确保整个过程的合法性和安全性。如果您有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师的意见。