结论：事业单位职工自费留学期间，单位将其基本工资和养老保险费及年金计入培训费的做法，一般而言是不合法的。

分析：

1. 工资支付方面：

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者在提供正常劳动的情况下，用人单位应当按照劳动合同约定的标准支付工资。自费留学期间，若职工未提供正常劳动，单位可能不支付工资，但这与将工资计入培训费是两个不同的概念。
   • 若单位与职工之间有特别约定（如留学期间保留职位并支付一定工资），则应按照约定执行。但无论如何，将工资计入培训费缺乏法律依据。

2. 养老保险费及年金方面：

   • 养老保险费是用人单位和职工共同缴纳的，用于职工退休后的养老保障。年金则是单位为职工提供的额外福利。
   • 这些费用与职工的劳动关系紧密相关，不应因职工自费留学而改变其性质或归属。单位无权将这些费用计入培训费。

3. 培训费的定义与性质：

   • 培训费通常指用人单位为提升职工技能或知识而支付的费用，如培训课程费、教材费等。
   • 将基本工资和养老保险费及年金计入培训费，显然不符合培训费的常规定义和性质。

4. 可能的法律后果：

   • 若单位擅自将职工的基本工资和养老保险费及年金计入培训费，可能构成违法扣减工资或未依法缴纳社会保险费的行为。
   • 职工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位补发工资、补缴社会保险费，并可能获得相应的经济补偿。

建议：

• 若您遇到此类情况，建议首先与单位进行沟通协商，明确各项费用的性质和归属。
• 若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，务必保留好相关证据，如劳动合同、工资单、社会保险缴纳记录等。

进一步思考：

• 事业单位在处理职工自费留学事宜时，应制定明确的规章制度，明确双方的权利和义务。
• 职工在决定自费留学前，也应充分了解单位的规章制度和相关法律法规，以避免不必要的纠纷。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。