结论：职工自己申请停薪留职，单位收取管理费是否合法，需视具体情况及双方约定、相关法律法规而定，一般情况下，若未经双方协商一致或无法律依据，单位收取管理费可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、法律法规层面
现行法律法规未明确规定停薪留职期间单位可收取管理费：
- 停薪留职并非一个严格的法律术语，而是实践中形成的一种用工方式。现行劳动法律法规中，并未明确规定在停薪留职期间，单位有权向职工收取管理费。
若单位规章制度或劳动合同中有约定，需审查其合法性：
- 如果单位的规章制度或与职工签订的劳动合同中明确约定了停薪留职期间单位可以收取管理费，那么需要进一步审查该约定是否违反了法律法规的强制性规定，以及是否公平合理。
- 若该约定违反了法律法规的强制性规定（如收取的费用过高、无合理依据等），则该约定可能被认定为无效，单位无权据此收取管理费。
二、双方协商一致层面
双方协商一致是收取管理费的前提：
- 即使单位规章制度或劳动合同中未明确约定收取管理费，但如果双方在停薪留职期间通过协商一致，同意单位收取一定数额的管理费，且该费用合理、不违反法律法规的强制性规定，那么这种收取行为可能是合法的。
协商一致需体现双方真实意思表示：
- 双方协商一致必须体现双方的真实意思表示，不能存在欺诈、胁迫等情形。如果职工是在被胁迫或欺诈的情况下同意单位收取管理费，那么该同意可能无效，单位无权据此收取费用。
三、实际操作建议
审查单位规章制度和劳动合同：
- 职工在申请停薪留职前，应仔细审查单位的规章制度和与单位签订的劳动合同，了解其中是否有关停薪留职期间单位收取管理费的约定。
与单位进行协商：
- 如果职工对单位收取管理费有异议，可以与单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。在协商过程中，职工可以提出自己的合理诉求，如要求单位减免管理费或提供其他补偿等。
寻求法律援助：
- 如果职工与单位无法就收取管理费的问题达成一致，或者职工认为单位收取管理费的行为违反了法律法规的强制性规定，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设某职工因个人原因申请停薪留职一年，单位在其申请时提出要收取每月500元的管理费。职工在审查单位规章制度和劳动合同后，发现并无相关约定。此时，职工可以与单位进行协商，表达自己对收取管理费的异议，并寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，职工可以考虑寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
后续行动建议：如果您或您身边的人遇到了类似的问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议和帮助。