面对员工故意不签劳动合同，并随后进行“恶意告发”的情况，企业确实需要采取一系列系统且合法的措施来应对。以下是我为您整理的详细处理步骤和建议：

一、明确首要任务：收集证据与沟通协商

首先，企业应立即着手收集与劳动关系相关的所有证据，这是应对此类纠纷的基础。同时，尝试与员工进行坦诚的沟通协商，以明确双方立场，并寻求和解的可能性。

二、详细处理步骤

1. 核实员工主张与初步评估

   • 仔细审查员工的具体诉求和指控内容，特别是关于未签订劳动合同的指控。
   • 评估员工的诉求是否合理，以及公司是否存在因未签合同而可能承担的法律风险。

2. 全面收集证据材料

   • 劳动关系证明：
     • 工资支付凭证：如银行转账记录、工资条等，证明公司已按时支付工资。
     • 工作证、门禁卡：证明员工在公司的工作身份。
     • 考勤记录：证明员工的工作出勤情况。
     • 业务文件及同事证言：如工作邮件、项目报告、同事的书面证言等，证明员工实际参与了公司的工作。
   • 员工行为证据：
     • 故意违反公司规定的书面警告、处罚通知：证明员工存在不当行为。
     • 谋取不当利益的记录：如员工要求额外补偿、威胁等不当行为的记录。
     • 与公司之间的沟通记录：如邮件、短信、微信聊天记录等，可能显示员工的恶意意图或不合理诉求。

3. 积极沟通协商

   • 在收集证据的同时，与员工进行坦诚沟通，了解其真实意图和诉求。
   • 保持冷静和理性，明确公司立场，提出合理的解决方案，如补偿、调整工作安排等，以期达成和解。

4. 正式回应与准备法律程序

   • 如果无法达成和解，公司应正式回应员工的主张，根据事实和法律依据提供书面回复或辩护。
   • 准备参与劳动仲裁或诉讼程序，包括按时提交答辩状和证据，参加庭审，并尊重裁决结果。
   • 如有必要，委托专业律师代理出庭应诉，以确保公司的合法权益得到充分维护。

5. 加强企业管理与合规建设

   • 针对此次事件反思管理制度的不足，特别是劳动合同签订和管理方面。
   • 及时完善相关制度，确保所有员工都签订了合法的劳动合同，并加强劳动法律法规的学习和培训。
   • 提升企业的合规意识和管理水平，预防类似事件的再次发生。

三、法律分析与风险提示

• 根据《劳动合同法》的规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，需向劳动者每月支付二倍工资。然而，如果是员工自身原因拒绝签订劳动合同，且用人单位有充分证据证明的话，是可以免责的。
• 因此，企业在处理此类纠纷时，务必注重证据的收集和保存，以便在应对诉讼时能够准确地提出免责理由。

四、总结与建议

面对员工故意不签劳动合同并“恶意告发”的情况，企业应保持冷静、积极应对，并采取合法有效的措施来解决问题。通过全面收集证据、积极沟通协商、正式回应与准备法律程序以及加强企业管理与合规建设等步骤，企业可以在法律的框架内妥善解决纠纷，并保障自身的合法权益和稳定发展。