工程内部承包人对外收取的保证金未上公司账户，其返还责任应依据具体情况来确定，一般而言，可能由内部承包人个人或公司承担返还责任。以下是对此问题的详细分析：
一、内部承包人个人承担返还责任的情况
保证金收取行为未获公司授权：
- 如果内部承包人对外收取保证金的行为并未获得公司的明确授权，且该行为超出了其内部承包的权限范围，那么该保证金收取行为可能被视为内部承包人的个人行为。
- 在此情况下，若保证金未上公司账户，且内部承包人无法证明该资金已用于公司项目或已得到公司的认可，那么内部承包人个人应承担返还保证金的责任。
内部承包人个人财务与公司财务混同：
- 如果内部承包人在财务管理上存在严重问题，如个人财务与公司财务混同，导致保证金无法区分是个人资金还是公司资金，那么内部承包人个人也可能需要承担返还责任。
- 这种情况下，法院或仲裁机构可能会根据实际情况，判断内部承包人是否应承担返还保证金的责任。
二、公司承担返还责任的情况
保证金收取行为获公司授权或认可：
- 如果内部承包人对外收取保证金的行为获得了公司的明确授权或事后认可，且该行为在公司内部承包的权限范围内，那么该保证金收取行为应被视为公司行为。
- 在此情况下，即使保证金未上公司账户，公司也应承担返还保证金的责任。因为公司作为授权方或认可方，应对内部承包人的行为承担法律责任。
公司存在管理过失：
- 如果公司存在管理过失，如未对内部承包人的行为进行有效监督和管理，导致保证金被内部承包人个人收取且未上公司账户，那么公司也可能需要承担一定的返还责任。
- 这种情况下，法院或仲裁机构可能会根据公司的管理过失程度，判断公司是否应承担部分或全部返还保证金的责任。
三、法律建议
对于内部承包人：
- 应严格遵守公司规定和内部承包合同的约定，不得擅自对外收取保证金或进行其他超出权限范围的行为。
- 如果确实需要对外收取保证金，应事先获得公司的明确授权，并确保保证金及时上缴公司账户。
对于公司：
- 应加强对内部承包人的管理和监督，确保其行为符合公司规定和内部承包合同的约定。
- 如果发现内部承包人存在擅自对外收取保证金等违规行为，应及时采取措施进行纠正，并追究相关责任人的法律责任。
在发生纠纷时：
- 双方应首先通过协商解决纠纷。如果协商无果，可以寻求法律途径解决，如向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，双方应提供充分的证据来支持自己的主张，以便法院或仲裁机构能够做出公正的裁决。