在双方都同意离婚但抚养权意见不一致的情况下，法院并不一定会在第一次起诉时就判决离婚，但通常会倾向于判决离婚，同时会对抚养权问题单独进行审理和判决。以下从不同角度为您详细分析：
一、法院判决离婚的核心标准
根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条，法院判决离婚的核心标准是夫妻感情是否确已破裂。在双方都同意离婚的情况下，这通常可以被视为夫妻感情已经破裂的一个明确信号。因此，从法律原则上看，法院会倾向于尊重双方的意愿，判决离婚。
二、抚养权争议对离婚判决的影响
不影响离婚判决本身：抚养权争议是离婚案件中的一个独立问题，它并不直接影响法院对离婚的判决。即使双方在抚养权问题上存在分歧，只要法院认定夫妻感情确已破裂，且无和好可能，就会判决离婚。
抚养权判决的原则：在判决抚养权时，法院会遵循子女利益最大化的原则，综合考虑父母双方的抚养能力、抚养条件、教育背景、生活环境等多方面因素，倾向于将子女判给更有利于其成长的一方。
三、法院可能考虑的其他因素
是否存在和好的可能：尽管双方都同意离婚，但法院仍会考虑是否存在和好的可能。如果法院认为双方的感情尚未完全破裂，或者存在通过调解和好的可能性，可能会在第一次诉讼中不判决离婚。
案件的具体细节：法院在审理离婚案件时，会关注案件的具体细节，如双方的感情基础、离婚原因、子女抚养权的安排、财产分割的公平性等。这些因素都可能影响法院的最终判决。
四、实际操作中的建议
积极配合法院审理：无论双方在抚养权问题上存在多大分歧，都应积极配合法院的审理工作，提供相关证据，以证明自己的抚养能力和条件更有利于子女的成长。
考虑通过调解解决争议：在诉讼过程中，双方可以考虑通过调解的方式解决抚养权争议。调解不仅可以节省时间和精力，还可以为双方提供一个更灵活、更人性化的解决方案。
做好长期准备：如果法院在第一次诉讼中不判决离婚，或者对抚养权问题作出不利于自己的判决，双方应做好长期准备，包括继续收集证据、准备再次诉讼等。
举例说明：假设一对夫妻在第一次起诉离婚时都表示同意离婚，但在抚养权问题上存在分歧。法院在审理过程中，会先判断夫妻感情是否确已破裂。如果认定感情破裂且无和好可能，法院会判决离婚。同时，法院会单独审理抚养权问题，根据子女利益最大化的原则作出判决。如果一方对判决不服，可以在法定期限内提起上诉。
最后需要强调的是，每个离婚案件都有其独特性和复杂性。因此，在处理类似问题时，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确、更全面的法律建议。