核心结论：员工在职期间开发的程序涉及侵权，离职后公司因此遭受损失的，责任承担需结合具体情况判断，可能涉及员工个人责任、公司管理责任或双方共同责任。以下从不同角度展开分析：
1. 员工个人责任
- 侵权行为认定：若程序侵权行为系员工个人故意或重大过失导致（如未经授权使用第三方代码、抄袭他人程序等），员工可能需承担直接侵权责任。根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益的，应承担侵权责任。
- 赔偿范围：公司可要求员工赔偿因侵权导致的直接损失（如赔偿第三方费用、诉讼费用等），但需证明损失与员工行为的因果关系。若员工行为超出职务范围（如利用公司资源开发个人项目），责任可能更明确。
2. 公司管理责任
- 职务行为认定：若程序开发属于员工职务范围（如公司委托开发的项目），且公司未尽到合理管理义务（如未审核代码合法性、未签订知识产权协议等），公司可能需承担部分或全部责任。根据《民法典》第1191条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。
- 内部追责：公司承担外部责任后，可依据内部规章制度或劳动合同向员工追偿，但需证明员工存在故意或重大过失（如公司需举证员工明知侵权仍实施）。
3. 双方共同责任
- 混合过错情形：若侵权行为系员工与公司共同导致（如员工提供侵权代码，公司未审核即使用），可能按过错比例分担责任。例如，员工承担60%责任，公司承担40%管理责任。
- 合同约定影响：若劳动合同或保密协议中明确约定了知识产权归属及侵权责任分担条款，需按合同执行。但合同条款不得免除公司法定管理责任。
建议行动
公司角度：
- 立即停止侵权程序使用，避免损失扩大；
- 收集证据（如开发记录、代码比对报告、员工职责说明等）；
- 评估是否向员工追偿或通过诉讼解决外部侵权纠纷。
员工角度：
- 若被公司追责，需审查自身行为是否属于职务范围；
- 保留开发过程中的沟通记录、审批文件等，证明公司管理责任；
- 主动协商解决，避免诉讼风险。
温馨提示：具体责任需结合侵权行为性质、员工职责范围、公司管理措施等综合判断。如有进一步细节（如开发背景、合同条款等），可直接向我咨询，我会为您详细分析。