结论前置：
- 若未开具商调函的行为违反了单位内部规定或相关法律法规，则该行为不合法。
- 若未开具商调函的行为并未违反任何规定或法律，且双方已就工作事宜达成一致，则该行为可能被视为合法，但存在潜在风险。
详细分析：
首先，我们需要明确“商调函”的性质和作用。商调函通常是用于调动工作人员时，由调出单位向调入单位发出的正式文件，用于确认工作人员的调动事宜，包括工作岗位、薪资、福利等相关信息。它既是单位内部管理的一种手段，也是保障工作人员权益的重要文件。
针对您提出的问题“没有商调函已经上班了，开不出商调函合法吗”，我们可以从以下几个角度进行分析：
从单位内部规定角度：
- 如果单位有明确规定，要求工作人员在调动时必须开具商调函，并且该规定不违反法律法规，那么未开具商调函而擅自上班的行为就违反了单位内部规定，因此是不合法的。
- 在这种情况下，单位有权对违反规定的工作人员进行相应的处理，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。
从法律法规角度：
- 如果相关法律法规对商调函的开具有明确要求，而单位或工作人员未遵守这些要求，那么未开具商调函的行为就可能违反法律法规，因此也是不合法的。
- 例如，如果《劳动法》或相关地方性法规规定，工作人员在调动时必须办理相关手续，包括开具商调函，那么未开具商调函就可能构成违法行为。
从实际工作角度：
- 如果双方（调出单位和调入单位）已经就工作事宜达成一致，并且工作人员已经实际开始工作，但未开具商调函，这种情况可能并不直接违反法律法规或单位内部规定。然而，它可能存在潜在的风险和问题。
- 例如，如果后续出现薪资、福利、工作岗位等方面的争议，没有商调函作为依据，可能会给工作人员带来不必要的麻烦和损失。
- 此外，如果单位后续要求补开商调函而工作人员无法提供，也可能面临单位的处理或处罚。
法律建议：
- 对于工作人员来说，如果尚未开具商调函但已经实际开始工作，建议尽快与调出单位和调入单位沟通，补开商调函以保障自己的权益。
- 对于单位来说，如果发现工作人员未开具商调函而擅自上班，应当及时与工作人员沟通并要求其补开商调函；如果工作人员拒绝补开或无法补开，单位有权根据内部规定或相关法律法规进行处理。
潜在法律后果：
- 如果未开具商调函的行为违反了单位内部规定或相关法律法规，工作人员可能面临单位的处理或处罚，甚至可能承担法律责任。
- 如果因未开具商调函而导致后续出现薪资、福利、工作岗位等方面的争议，工作人员可能因缺乏证据而面临不利后果。
综上所述，没有商调函已经上班了的行为是否合法，取决于是否违反了单位内部规定或相关法律法规。为了避免潜在的风险和问题，建议工作人员和单位都应当遵守相关规定和要求，及时开具和保管好商调函。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。