针对您提出的问题“新人入职后背景调查填写原公司证明人电话是否违法”，我们可以从法律角度和实际操作层面进行详细分析。

首先，从法律层面来看，背景调查本身并不违法，但关键在于调查的内容和方式是否符合法律法规的要求。根据我国《个人信息保护法》的规定，处理个人信息应当遵循合法、正当、必要和诚信原则。这意味着，用人单位在进行背景调查时，必须确保所收集的信息与劳动合同直接相关，且收集方式合法合规，不得侵犯劳动者的个人隐私权。

在您提到的情境中，新人入职后，新公司为了核实其工作经历和表现，可能会要求填写原公司证明人的电话进行背景调查。这一行为本身，如果仅限于核实工作经历、职位、工作时间等与劳动合同直接相关的信息，并且新公司在调查过程中尊重了原公司及证明人的意愿，未泄露劳动者的其他个人隐私，那么这一行为是合法合规的。

然而，如果背景调查超出了必要范围，比如涉及劳动者的婚恋状况、私人社交等与劳动合同无直接相关的信息，或者新公司在未获得劳动者明确授权的情况下，擅自联系原公司证明人进行调查，甚至泄露了劳动者的个人隐私，那么这一行为就可能构成违法。

此外，从实际操作层面来看，用人单位在进行背景调查时应当谨慎行事。一方面，要确保调查的内容和方式符合法律法规的要求；另一方面，也要尊重劳动者的意愿和隐私权，避免因为背景调查而引发不必要的劳动争议。

综上所述，新人入职后背景调查填写原公司证明人电话这一行为本身并不违法，但关键在于调查的内容和方式是否合法合规。用人单位在进行背景调查时，应当遵循法律法规的要求，尊重劳动者的意愿和隐私权，确保调查行为的合法性和正当性。如果劳动者对背景调查有异议或认为自己的隐私权受到了侵犯，可以通过法律途径进行维权。