违法工资支付条例的情况下，劳动者是可以申请劳动仲裁来维护自身权益的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》：该法明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这为公司支付工资设定了基本的法律框架和底线，任何违反此规定的行为都属于违法。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：该法第二条第五项明确指出，因劳动报酬发生的争议属于劳动争议范畴，适用该法进行调解和仲裁。这意味着，劳动者因公司违法支付工资（如未按照劳动合同约定及时足额支付劳动报酬、低于当地最低工资标准支付工资、安排加班不支付加班费等）而提起的争议，完全在法律的保护范围之内。
二、申请仲裁的具体条件与准备
证据准备：劳动者在申请仲裁前，需收集并整理相关证据，如劳动合同、工资条、银行工资流水明细、考勤记录以及公司违法支付工资的相关通知或记录等。这些证据将用于证明与公司存在劳动关系以及公司存在违法支付工资的事实。
仲裁申请书：劳动者需提交书面仲裁申请书，详细载明个人信息、用人单位信息、仲裁请求及所依据的事实和理由，同时附上证据清单和来源说明。
三、申请仲裁的流程
确认仲裁时效与提交申请：劳动者应在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交申请材料。
仲裁受理与审查：仲裁委员会将在收到申请后五日内进行审查，决定是否受理。若受理，将及时通知劳动者并送达申请书副本给用人单位；若不受理，将说明理由。
开庭审理与质证：仲裁庭确定开庭日期后，将提前通知双方。在庭审中，劳动者需陈述事实、提供证据，并与用人单位进行质证和辩论。
调解与裁决：仲裁庭将尝试调解双方争议。若调解成功，制作调解书；若调解不成，则在规定时间内作出裁决。
执行阶段：若用人单位不履行生效的调解书或裁决书，劳动者可向人民法院申请强制执行。
四、可能的仲裁结果及其影响
支持劳动者请求：若仲裁委员会认定公司存在违法支付工资行为，将裁决公司支付被拖欠或克扣的工资，并可能根据具体情况要求公司支付一定比例的赔偿金或经济补偿。这将有效维护劳动者的合法权益。
驳回劳动者请求：若劳动者证据不足或公司能提供合理支付工资的理由和依据，仲裁委员会可能驳回劳动者的仲裁请求。但这并不意味着劳动者无法继续维权，他们仍可通过其他法律途径（如向法院提起诉讼）寻求救济。
五、建议与提醒
及时维权：一旦发现公司存在违法支付工资的行为，劳动者应及时收集证据并申请劳动仲裁，以免超过仲裁时效而丧失维权机会。
理性对待结果：无论仲裁结果如何，劳动者都应保持理性态度。若对仲裁结果不满，可在规定期限内向人民法院提起诉讼以进一步保障自身合法权益。
咨询专业律师：在申请仲裁过程中，若遇到法律难题或不确定如何操作时，可随时向我咨询。作为专业律师，我将为你提供全面的法律支持和建议。
综上所述，违法工资支付条例的情况下，劳动者完全有权通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请仲裁过程中，劳动者应充分准备证据材料、遵循法定程序，并积极参与庭审过程。