针对您提出的“民事案件判决后已履行，但对方申请执行进入立案程序”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，核实执行信息是首要步骤。您应当立即联系执行法院，确认案件的真实性以及具体的执行内容。这一步至关重要，因为有时可能存在信息误差或误解，通过官方渠道核实可以确保您获取的信息准确无误。

接下来，确认履行情况。既然您提到已经履行了判决，那么您需要准备相关证据，如转账记录、收据、履行完毕的确认书等，以证明您已经按照判决要求完成了义务。这些证据将在后续与执行法院或申请执行人的沟通中起到关键作用。

与申请执行人沟通也是必要的。您可以主动联系对方，说明您已经履行了判决，并提供相应的证据。如果对方坚持执行，您可以尝试通过协商达成执行和解，明确双方的权利和义务，避免不必要的法律纠纷。

若认为执行行为违法，您有权向执行法院提出书面异议。根据法律规定，如果执行行为违反了法律程序或侵犯了您的合法权益，您可以通过书面形式向执行法院提出异议，要求法院对执行行为进行审查并纠正。

对生效法律文书有异议的情况较为复杂。如果您认为原判决存在错误，且有新证据足以推翻原裁判，您可以考虑申请再审。但需要注意的是，申请再审通常不影响执行程序的进行，因此您仍需积极应对执行立案。

尽快履行义务（如未完全履行）。虽然您提到已经履行了判决，但在此情境下，我仍要强调，如果确实存在未完全履行的情况，您应尽快按照生效法律文书的要求完成履行，以避免产生迟延履行利息等额外费用，以及可能对您信用造成的不良影响。

寻求专业法律帮助。在整个过程中，如果您感到困惑或无法自行处理，建议咨询专业律师。律师可以为您提供法律意见，帮助您制定应对策略，并代表您与执行法院或申请执行人进行沟通。

综上所述，面对对方申请执行立案的情况，您应首先核实执行信息，确认履行情况，并与申请执行人积极沟通。同时，根据实际情况考虑是否提出书面异议或申请再审，并尽快履行义务（如未完全履行）。在整个过程中，保持冷静和理性，寻求专业法律帮助，以维护您的合法权益。