针对您提出的“变更后的项目经理业绩资质申请是否可以认定”的问题，这确实是一个涉及项目管理和资质认定的关键问题。以下是我根据现有信息和相关规定，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，项目经理在项目执行过程中的变更，特别是在中标后、开工前的变更，并且施工许可证、竣工验收、竣工备案等关键环节均以变更后的项目经理姓名进行登记办理，这种情况下，业绩的归属问题需要依据多个因素来综合判断。

1. 依据招标文件约定：

   • 招标文件是项目执行的基石，其中可能明确规定了项目经理变更后业绩的归属原则。因此，首先应查阅招标文件，看是否有相关条款对此进行明确。

2. 参考相关通知或规定：

   • 如安徽省水利厅提到的《关于做好建筑业(水利类)企业资质配合审批有关事项的通知》(皖水建设函〔2023〕146号)文，这类通知或规定中可能包含了技术负责人（或注册建造师）业绩的认定标准，可以作为判断业绩归属的参考。

3. 实际执行情况：

   • 业绩的认定不仅要看文件规定，还要看实际执行情况。如果变更后的项目经理实际参与了项目的全过程管理，包括施工、验收等关键环节，并且相关文件（如施工许可证、竣工验收报告等）均以其名义办理，那么该业绩更有可能被认定为变更后项目经理的业绩。

4. 招投标与资质升级的应用：

   • 在招投标过程中，业绩是重要的资信条件。如果业绩被认定为变更后项目经理的，那么变更前项目经理通常不能使用该业绩作为资信条件参与招投标活动，反之亦然。
   • 对于资质升级，同样需要依据业绩的归属来判定。如果业绩属于变更后项目经理，那么变更前项目经理的业绩材料中不应包含该业绩，反之亦然。

5. 咨询相关部门：

   • 由于业绩归属问题可能涉及多个部门和复杂情况，如果仍有疑问，建议直接咨询项目所在地的相关管理部门（如安徽省发展和改革委员会公管办、安徽省水利厅等），以获取更准确和权威的解答。

综上所述，变更后的项目经理业绩资质申请是否可以认定，需要依据招标文件约定、相关通知或规定、实际执行情况以及咨询相关部门的结果来综合判断。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的澄清，请随时告诉我。