结论：公司扣5天工资的做法是否合理，需根据具体情况判断，但通常情况下，公司无权仅因员工请假并自行安排工作交接就扣除全额工资。
一、从劳动合同与规章制度的角度分析
劳动合同约定：首先，需查看您与公司签订的劳动合同中是否有关于请假、工资扣除的具体约定。如果合同中明确规定了请假期间的工资处理方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司应按照合同约定执行。但通常情况下，劳动合同不会直接规定因员工自行安排工作交接就扣除全额工资的情况。
公司规章制度：其次，需考察公司是否有相关的规章制度，并且这些规章制度是否经过了合法的民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），且已向您公示或告知。如果规章制度中明确规定了请假期间的工资扣除标准，并且该标准合理且不违反法律法规，那么公司可以依据规章制度执行。但仅因员工请假并自行安排工作交接就扣除全额工资，很可能被视为不合理。
二、从法律法规的角度分析
工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。在您的情况下，如果公司仅因您请假并自行安排工作交接就扣除全额工资，显然不符合这一规定。
请假与工资的关系：请假是劳动者的合法权利，只要符合公司的请假制度和法律法规的规定，公司就不应无故扣除工资。您自行找人完成工作并支付了费用，这是您为了保障工作顺利进行而采取的合理措施，并不应成为公司扣除工资的理由。
三、建议与行动
与公司沟通：首先，建议您与公司进行沟通，明确表达您的立场和诉求，要求公司按照法律法规和合同约定支付工资。
收集证据：如果沟通无果，您需要收集相关证据，如劳动合同、请假条、工资条、与公司的沟通记录等，以备后续维权之需。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果公司仍然拒绝支付工资，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
最后，如果您在处理此事过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。