工伤认定书公司拿着，不影响你做劳动能力鉴定。具体分析如下：

一. 劳动能力鉴定的申请主体和所需材料

1. 申请主体：根据《工伤保险条例》的相关规定，劳动能力鉴定可以由用人单位、工伤职工或者其近亲属向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请。这意味着，即使工伤认定书在公司手中，你作为工伤职工，仍然有权直接申请劳动能力鉴定。
2. 所需材料：申请劳动能力鉴定时，需要提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。尽管工伤认定书在公司手中，但你可以通过其他途径获取这些资料的复印件或者相关证明，例如向工伤认定部门申请复印或者由医院提供工伤医疗的相关资料。

二. 工伤认定的法律效力

• 工伤认定书是确认工伤事实的重要法律文书，但其主要作用在于确认工伤事实，为后续的工伤赔偿和劳动能力鉴定提供依据。即使公司持有工伤认定书，也不能剥夺你申请劳动能力鉴定的权利。

三. 实际操作建议

• 如果你担心公司不配合提供工伤认定书，可以先尝试与公司沟通，要求其提供复印件或者协助你申请劳动能力鉴定。
• 如果公司拒绝配合，你可以直接向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，并说明情况，请求其根据现有资料进行鉴定。
• 同时，你也可以咨询当地的劳动监察部门或者工会，寻求他们的帮助和支持。

我建议：你尽快准备相关材料，直接向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，以确保你的合法权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。