结论：针对您欠农村信用社三万元，本金额已还清但十六年利息未结的情况，是可以与农村信用社进行协商的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、协商的法律依据与可能性
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以就合同的内容进行协商和变更。因此，您与农村信用社之间的贷款合同，其利息部分也是可以通过协商进行调整的。
公平原则：
- 法律强调合同双方的公平地位。如果十六年的利息累积过高，超出了您的承受能力，或者与农村信用社的实际损失不符，那么从公平原则出发，双方也有必要进行协商，以达成一个更为合理的利息支付方案。
二、协商的具体操作与建议
主动沟通：
- 建议您首先主动与农村信用社取得联系，表达您的还款意愿和当前的经济状况，以及对于十六年利息的看法和协商的意愿。
提供证明材料：
- 在协商过程中，您可以提供相关的证明材料，如您的收入证明、家庭经济状况等，以证明您当前的经济能力和还款的困难。
寻求专业帮助：
- 如果您在协商过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师或金融顾问的帮助。他们可以提供专业的法律意见和协商策略，帮助您更好地与农村信用社进行沟通。
三、协商可能的结果与应对
利息减免：
- 如果农村信用社同意与您协商，并考虑到您的实际情况和公平原则，可能会对部分利息进行减免。这将大大减轻您的还款压力。
分期还款：
- 另一种可能的结果是，农村信用社同意您分期偿还剩余的利息。这将使您能够更灵活地安排还款计划，减轻经济负担。
协商无果的处理：
- 如果协商无果，您仍然需要按照原合同的规定偿还利息。但在此情况下，您可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。不过，这通常是在协商和调解都无法解决问题时的最后手段。
四、注意事项与风险提示
保留证据：
- 在与农村信用社协商的过程中，务必保留好所有的沟通记录和证明材料。这些证据将在未来的争议解决中起到关键作用。
了解法律后果：
- 在协商前，您需要了解如果无法达成协议或无法按时还款可能面临的法律后果，如被催收、列入失信名单等。这将帮助您更好地制定协商策略和还款计划。
谨慎签订协议：
- 如果双方达成协议，务必在签订协议前仔细阅读协议条款，确保协议内容符合您的意愿和利益。如有疑问或不确定之处，应及时咨询专业律师的意见。
总结与建议：针对您的情况，我建议您首先主动与农村信用社进行沟通协商，表达您的还款意愿和当前的经济状况。在协商过程中，提供相关的证明材料以支持您的观点。如果协商无果或遇到困难，可以寻求专业律师或金融顾问的帮助。同时，务必保留好所有的沟通记录和证明材料，以备不时之需。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。