农村信用社小额贷款本金还清后，利息是否可以协商，需分情况讨论：

1. 贷款合同中有明确约定利息支付方式及金额
   若合同中已明确约定利息的计算方式、支付时间及金额，且未赋予双方协商变更的权利，则借款人需按合同履行。此时，信用社通常无义务接受利息协商，除非借款人能证明存在重大误解、显失公平或信用社存在违约行为（如违规收费），可依据《民法典》第147-151条主张变更或撤销合同条款。

2. 贷款合同未明确约定利息或约定模糊
   若合同对利息的约定存在歧义（如仅约定“按信用社规定执行”），或未约定逾期利息、复利等具体标准，借款人可依据《民法典》第680条主张“禁止高利放贷”，要求信用社参照市场利率或LPR（贷款市场报价利率）重新协商利息。此时协商成功的可能性较高，但需以书面形式补充协议，避免后续纠纷。

3. 借款人存在特殊困难或信用社政策调整
   若借款人因自然灾害、重大疾病等不可抗力导致还款困难，可依据《民法典》第118条关于“公平原则”的规定，向信用社申请减免部分利息或延长还款期限。信用社可能基于社会责任或风险控制考虑，同意协商，但需提供相关证明材料（如医疗证明、受灾证明等）。

4. 信用社主动提出协商
   若信用社为降低不良贷款率，主动提出减免利息或调整还款计划，借款人可积极配合协商。此类协商通常以信用社内部政策为依据，借款人需了解政策范围（如减免比例、期限等），并确保协商结果以书面形式确认。

行动建议：

• 第一步：核查贷款合同，明确利息条款的具体内容；
  
• 第二步：收集证明材料（如困难证明、政策文件等），为协商提供依据；
  
• 第三步：主动联系信用社，提出书面协商申请，并保留沟通记录；
  
• 第四步：签订补充协议，确保协商结果具有法律效力。
  

若协商无果，借款人可向当地银保监会或金融调解组织申请调解，或通过诉讼主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。