对企业备案项目与实际建设项目不符的违法行为，应由备案机关来处罚。具体分析如下：

一. 备案机关的职责与处罚权限

• 根据《国家发展和改革委员会令第2号》的相关规定，实行备案管理的项目，企业需依法将项目信息或已备案项目信息变更情况告知备案机关。若企业未依法履行这一义务，或向备案机关提供虚假信息，备案机关有权责令限期改正。
• 若企业逾期不改正，备案机关可处2万元以上5万元以下的罚款。这一规定明确了备案机关对备案项目与实际建设项目不符的违法行为的处罚权限。

二. 处罚的具体情形

• 未依法告知备案机关：若企业在项目备案后，实际建设项目与备案项目不符，且未及时告知备案机关，将构成违法行为。
• 提供虚假信息：若企业向备案机关提供关于项目的虚假信息，同样将受到备案机关的处罚。

三. 处罚程序

• 备案机关在发现企业存在上述违法行为后，将依法启动处罚程序，包括立案、调查、告知、决定、送达和执行等环节。
• 在作出行政处罚决定前，备案机关会及时告知当事人行政处罚认定的事实、理由、依据以及当事人依法享有的权利。

综上所述，对企业备案项目与实际建设项目不符的违法行为，备案机关是负责处罚的主体。这一结论基于《国家发展和改革委员会令第2号》的明确规定，确保了处罚的合法性和正当性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。