针对您提出的“行业部门项目批建不符怎么处理”的问题，这是一个涉及项目审批、建设与监管的重要环节，需要从多个方面进行综合分析和处理。以下是我为您提供的详细解答：
一、批建不符的原因分析
批建不符通常源于几个方面：一是环评审批时间较早，企业为顺应市场需求或节约成本，更改了原辅材料、生产工艺、产品等，导致污染物性质发生变化；二是日常监管执法中，对环评内容的核实不够重视，侧重于污染物治理措施、排放特性等刚性约束；三是部分企业存在侥幸心理，主观故意地规避监管，追逐经济利益而忽视环保治理。
二、处理批建不符的措施
建立健全法律法规：
- 明确建设项目发生的重大变化与非重大变化界限，做到有法可依、有法必依。例如，可以借鉴上海地方性文件，明确规定建设项目（污染影响类）的重大变动清单，从规模、地点、生产工艺和污染防治措施等方面作出明细规定。
监管与服务并举：
- 基层执法人员应更加重视精细化执法，从审批内容复核现场情况，确保建设项目与环评手续一致。
- 提升执法人员业务能力，丰富执法思路和手段，以更好地应对批建不符等问题。
- 对于存在批建不符情况的企业，应秉持审慎包容的原则，给予充分时间进行整改，如设定责令改正期限，并开展后督查。
加大宣贯力度：
- 地方政府部门应不断丰富交流方式，畅通沟通平台，通过走出去和请进来的双向互动，积极宣传政策法律，并督促企业贯彻落实。
- 帮助企业提高政策解读和法律更新的能力，减少因信息不对称而导致的批建不符情况。
发挥环境信用评价作用：
- 形成一批正面清单，完善对于企业、社会第三方专业服务机构的监督体系。
- 配套予以激励措施，正向引导企业主动参与治理，形成良好的竞争环境。
三、具体案例与政策借鉴
- 以江苏省南通市为例，该地在处理建设项目批建不符问题时，做到了监管与服务并重，将责令改正期限设定为3个月，给予企业充分时间进行补办环评手续和整改。
- 山东省人民政府办公厅印发的《关于进一步规范产能过剩和高耗能行业工业投资项目办理加强事中事后监管工作的通知》中，也明确提出了严禁未批先建、批建不符的要求，并加强了事中事后监管和违法违规行为处置力度。
四、总结与建议
处理行业部门项目批建不符问题，需要从法律法规建设、监管与服务并举、宣贯力度加大以及环境信用评价作用发挥等多个方面入手。同时，建议地方政府部门和企业加强沟通与合作，共同推动建设项目的合规性和环保性。对于存在批建不符情况的企业，应及时进行整改，并接受相关部门的监督和检查，以确保建设项目的合法性和环保性。