在行政诉讼中，若行政机关合法资格人（即被告）在二审中仍未举证，法院将依据其他合法证据作出公正判决。以下是对此问题的详细分析：
一、被告未举证的法律后果
根据《行政诉讼法》第三十四条的规定，被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。若被告不提供或者无正当理由逾期提供证据，则视为没有相应证据。但需注意，若被诉行政行为涉及第三人合法权益，且第三人提供了证据，则法院会考虑这些证据。
二、法院的处理方式
依据其他证据判决：
- 在被告未举证的情况下，法院将依据其他已被证实或确认无误的证据，如原告提供的证据、第三方提供的证据（若涉及第三方权益）、以及法院自行调查取证的证据，来作出公正而严谨的判决。
调查取证权：
- 法院有权向有关行政机关以及其他组织、公民调取证据，以查明案件事实。但需注意，法院不得为证明行政行为的合法性而调取被告作出行政行为时未收集的证据。
驳回原告诉讼请求：
- 若行政行为的证据确凿、法律适用准确且程序合法，或者原告要求履行法定职责或给予特定援助的理由不充分，法院有权判决驳回原告的诉讼请求。
撤销或变更判决：
- 若存在法律规定的特定情形，如行政行为违法或不当，法院有权利撤销整个行政行为或部分撤销行政行为，并可以责令被告重新作出更为恰当的新的行政行为。
- 在变更判决方面，若行政罚款过重或其他与该罚则相关的行政行为所涉及的金钱数额确实存在错误或误差，法院可以依法判决更改原来的处罚金额或确定其正确结果。
三、对原告的建议
充分准备证据：
- 作为原告，在行政诉讼中应充分准备证据，以支持自己的主张。这包括与行政行为相关的文件、记录、照片等。
关注法院调查取证：
- 原告应关注法院是否依法进行了调查取证，并确保这些证据能够支持自己的诉求。
及时行使诉讼权利：
- 若对一审判决不服，原告应及时在法定期限内提起上诉，以维护自己的合法权益。
四、对被告的建议
严格履行举证责任：
- 作为被告，行政机关应严格履行举证责任，及时提供作出行政行为的证据和所依据的规范性文件。
积极配合法院调查：
- 若法院要求提供或补充证据，被告应积极配合，以确保案件能够得到公正处理。
尊重法院判决：
- 无论判决结果如何，被告都应尊重法院的判决，并依法履行判决所确定的义务。
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