员工休息两天的考勤，应依据实际出勤天数、应出勤天数及单位规章制度进行综合考量。具体分析如下：

一. 考勤的基本原则

1. 实际出勤天数：指员工在考核周期内实际到岗工作的天数。若员工休息了两天，则这两天不计入实际出勤天数。
2. 应出勤天数：通常根据月历天数、法定节假日及单位规定的休息日来确定。例如，一个月有30天，其中8天为周末休息日，若员工再休息两天，则应出勤天数为30 - 8 - 2 = 20天。

二. 考勤的具体计算

1. 无特殊情况：若员工除正常休息两天外，无其他缺勤情况，则实际出勤天数应等于应出勤天数（如上例中的20天）。
2. 存在其他缺勤：若员工在休息两天外，还有事假、病假等其他缺勤情况，则实际出勤天数应相应减少。缺勤天数的计算应包含所有未出勤的天数，但需注意，带薪年休假、病假等特定假期可能不按缺勤处理。

三. 考勤与工资的关系

1. 正常休息：员工正常休息两天，不影响其工资的发放，这两天应视为出勤并计算工资。
2. 缺勤扣款：若员工存在其他缺勤情况，单位可根据规章制度进行扣款。但扣款应遵循《中华人民共和国劳动法》的相关规定，确保员工的基本权益不受侵害。

四. 特别说明

• 单位应建立健全的考勤管理制度，明确考勤的计算方法、缺勤的处理方式及与工资的关系，以确保考勤的公平、公正。
• 员工在休息期间，单位应保障其合法权益，不得无故克扣工资或进行其他不公正处理。

我建议，单位在制定考勤管理制度时，应充分考虑员工的合法权益，确保考勤制度的合法性和合理性。同时，员工也应遵守单位的考勤制度，按时出勤并履行请假手续。如有进一步需要，您可以继续咨询我。