拿回扣退回公司并协商私了的行为，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合法性判断
回扣行为的性质：
- 回扣通常指的是在商业活动中，一方为了获取不正当利益，向另一方提供的财物或其他利益。这种行为往往违反了商业道德和法律法规，特别是当回扣与商业贿赂相关联时，可能构成违法行为。
退回公司并协商私了的合法性：
- 如果回扣行为本身未构成犯罪：员工在意识到错误后，主动将回扣退回公司，并与公司协商私了，这种行为在民事法律层面上可能被视为一种补救措施。公司接受退回并协商解决，通常不会引发法律纠纷，但需注意确保协商过程合法合规，避免存在胁迫、欺诈等情形。
- 如果回扣行为构成犯罪：如涉及商业贿赂等违法行为，即使员工退回回扣并与公司协商私了，也不能免除其法律责任。此时，公司应依法向相关部门报告，并配合调查。员工可能面临刑事指控，而协商私了的行为可能不被法律认可。
二、法律建议
对于员工：
- 如果意识到自己涉及了回扣行为，应立即停止该行为，并主动向公司说明情况，退回已收取的回扣。
- 寻求法律咨询，了解自己的法律责任和可能的后果。
- 避免与公司进行不正当的协商私了，以免陷入更复杂的法律纠纷。
对于公司：
- 建立健全的内部控制制度，防止员工涉及回扣等违法行为。
- 一旦发现员工涉及回扣行为，应依法进行处理，包括向相关部门报告、配合调查等。
- 在与员工协商解决时，应确保协商过程合法合规，避免存在胁迫、欺诈等情形。
三、可能的法律后果
如果回扣行为未构成犯罪：
- 员工可能面临公司的内部纪律处分，如警告、罚款、解雇等。
- 公司可能要求员工赔偿因回扣行为给公司造成的损失。
如果回扣行为构成犯罪：
- 员工可能面临刑事指控，如受贿罪、行贿罪等。
- 公司可能因涉及违法行为而受到行政处罚或刑事责任。
总结与建议：拿回扣退回公司并协商私了的行为，其合法性取决于回扣行为本身是否构成犯罪。如果未构成犯罪，员工应主动退回回扣并与公司合法协商解决；如果构成犯罪，则应依法接受处理。在任何情况下，都建议寻求专业法律咨询，以确保自己的行为合法合规。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。