商户夜间经营扰民的问题，主要由环保部门和公安机关负责管理，具体可根据扰民类型选择投诉部门。以下是详细说明：

1. 环保部门（生态环境局）
   如果商户夜间经营产生的噪音、油烟、异味等污染超出法定标准（例如噪音超过55分贝），属于环境噪声污染或大气污染范畴，可向当地生态环境局投诉。环保部门有权对商户进行噪音检测、责令整改，甚至处罚。

2. 公安机关（派出所）
   若商户夜间经营行为涉及社会生活噪声（如顾客喧哗、音响设备音量过大），且未达到环保部门认定的“污染”标准，但已干扰他人正常生活，可向公安机关报警。根据《治安管理处罚法》第五十八条，公安机关可对违规者处以警告或罚款。

3. 其他相关部门（补充）

   • 城管部门：若商户存在占道经营、乱堆乱放等影响市容的行为，可向城管部门投诉。
     
   • 市场监管部门：若商户无证经营或违反营业时间规定（如超出许可证允许的营业时间），可向市场监管部门举报。

建议行动步骤：

1. 先确认扰民类型（噪音/油烟/占道等）；
   
2. 优先向环保部门或公安机关投诉（根据类型选择）；
   
3. 保留证据（如录音、视频、时间记录等）；
   
4. 若问题未解决，可向当地政府信访部门或12345市民热线反映。

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用或投诉流程。