农民工工资由两家公司支付，一般情况下对工伤赔偿没有直接影响，但具体责任承担需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动关系认定是关键

• 核心原则：工伤赔偿的前提是确认劳动者与用人单位之间的劳动关系。若农民工与两家公司均存在劳动关系（如同时签订劳动合同或形成事实劳动关系），则需明确哪家公司是实际用工主体或承担主要用工责任。
• 例外情况：若两家公司中仅一家与农民工存在劳动关系，另一家仅代发工资（如劳务派遣中的用工单位与派遣单位），则工伤责任由实际用工单位或派遣单位承担，具体需根据合同约定和法律规定划分。

2. 工资支付主体与工伤责任的关系

• 一般规则：工资支付主体不一定等同于工伤责任主体。例如，若一家公司委托另一家公司代发工资，但劳动关系仅存在于委托方与农民工之间，则工伤责任由委托方承担。
• 特殊情形：若两家公司共同用工（如联合承包工程），且均参与管理、支付工资，则可能被认定为共同雇主，需对工伤赔偿承担连带责任。此时，农民工可要求任一公司赔偿，公司内部再按约定分摊责任。

3. 法律建议与操作步骤

• 第一步：固定证据
  农民工应保存与两家公司相关的证据，如劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等，以证明劳动关系及实际用工情况。
• 第二步：申请工伤认定
  向社会保险行政部门提交工伤认定申请，并明确用人单位名称。若劳动关系存在争议，需先通过劳动仲裁确认劳动关系。
• 第三步：主张赔偿
  根据工伤认定结果，向责任公司主张赔偿。若两家公司均被认定为责任主体，可要求其共同赔偿或选择其中一家主张，再由公司内部追偿。

4. 可能的法律后果

• 若劳动关系清晰：工伤责任由单一公司承担，另一家代发工资的公司无需负责。
• 若劳动关系混同：两家公司可能被要求共同赔偿，农民工权益更有保障，但公司间可能因责任划分产生纠纷。
• 若证据不足：可能导致工伤认定困难，影响赔偿主张。因此，农民工务必保留关键证据。

总结

农民工工资由两家公司支付时，工伤赔偿的责任主体需根据劳动关系、实际用工情况及合同约定综合判断。建议农民工在发生工伤后，第一时间固定证据并申请工伤认定，必要时通过法律途径明确责任主体。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细解答。