结论前置：新车没经您同意低开发票5000元，这种行为是违法的，且可能给您带来多方面的不利影响。

详细分析：

1. 从消费者权益保护角度：

   • 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，消费者享有知悉其购买、使用的商品或者接受的服务的真实情况的权利。商家未经您同意低开发票，实际上隐瞒了车辆的真实交易价格，侵犯了您的知情权。
   • 同时，低开发票可能导致您在车辆保修、维权等方面遇到困难，因为发票是证明您购买车辆及价格的重要凭证。

2. 从税收法律角度：

   • 商家低开发票的行为可能涉及偷逃税款。根据《中华人民共和国税收征收管理法》，纳税人必须如实申报纳税，低开发票意味着减少了应税收入，从而可能减少了应缴纳的税款，这是违法的。
   • 如果商家因此被税务机关查处，不仅可能面临罚款，还可能影响其商业信誉。

3. 从合同法律角度：

   • 您与商家之间形成了买卖合同关系，合同中应明确车辆的价格等关键条款。商家未经您同意低开发票，实际上是对合同内容的变更，且这种变更是单方面的、违法的。
   • 您有权要求商家按照实际交易价格开具发票，并可以据此主张自己的合法权益。

建议行动：

• 首先，与商家进行沟通，要求其按照实际交易价格重新开具发票。
• 如果商家拒绝或不予理睬，您可以向当地消费者协会或税务机关进行投诉，寻求他们的帮助和支持。
• 在必要时，您还可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼。

后续关注：

• 在处理此事的过程中，请务必保留好相关证据，如购车合同、付款凭证、与商家的沟通记录等，以便在需要时证明自己的主张。
• 同时，关注商家的后续行为，如果其存在其他违法行为或不当行为，及时向相关部门进行举报。

如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。