结论：项目管理公司签订合同后因没有水利项目管理资质，不一定能直接废标，需分情况讨论。

1. 招标阶段资质审查：

   • 在招标过程中，招标人通常会对投标人的资质进行严格审查。如果项目管理公司在投标时未明确具备水利项目管理资质，而招标文件明确要求此类资质，那么在评标阶段，该公司就可能因不符合招标条件而被否决投标，即“废标”。但这一过程发生在合同签订之前。

2. 合同签订后发现资质问题：

   • 若合同已经签订，之后才发现项目管理公司不具备水利项目管理资质，情况则更为复杂。此时，不能直接简单地“废标”，因为合同已经成立并可能部分履行。
   • 合同效力问题：根据《民法典》及相关法律规定，如果合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么合同可能被认定为无效。但水利项目管理资质的要求通常属于行业管理性规定，而非效力性强制性规定，因此不一定直接导致合同无效。
   • 违约责任：如果项目管理公司因没有资质而无法履行合同义务，可能构成违约。此时，招标人（或发包人）可以依据合同约定或法律规定，要求项目管理公司承担违约责任，如赔偿损失、支付违约金等。
   • 合同解除：在特定情况下，如项目管理公司根本无法履行合同，且双方无法就变更合同内容达成一致，招标人（或发包人）可能有权解除合同，并要求项目管理公司承担相应责任。但这并非“废标”，而是合同解除的法律后果。

3. 建议措施：

   • 立即沟通：招标人（或发包人）应首先与项目管理公司进行沟通，了解其无法履行合同的具体原因和可能的解决方案。
   • 法律审查：咨询专业律师，对合同效力、违约责任及合同解除等法律问题进行全面审查和分析。
   • 协商或诉讼：根据法律审查结果，双方可以协商解决争议，如变更合同内容、补充资质等；若协商不成，则可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径解决。