结论前置：建筑公司资质注销后，在建工程的处理需根据工程进度、合同约定及法律规定综合判断，核心处理方向包括合同履行与终止、工程交接与验收、法律责任承担。以下是具体分析：

1. 合同履行与终止

• 若合同未明确约定资质注销的处理条款：根据《民法典》第563条，若资质注销导致合同目的无法实现（如工程需特定资质才能继续），发包方有权解除合同，但需承担通知义务，并可能需赔偿承包方合理损失（如已投入成本）。
• 若合同有约定：如约定“资质注销时合同自动终止”，则按约定处理；若约定“需协商解决”，则双方应就工程结算、已完工程验收等达成补充协议。
• 关键点：需区分“资质注销”是否直接导致合同无法履行。例如，若工程已进入收尾阶段，仅需低级资质即可完成，则合同可能仍可履行。

2. 工程交接与验收

• 已完工程部分：根据《建设工程质量管理条例》第16条，承包方需提交竣工验收报告，发包方应组织验收。若资质注销不影响已完工程质量，验收程序仍需进行。
• 未完工程部分：若合同终止，需明确剩余工程如何处理。常见方式包括：
  • 转包给其他有资质企业：需经发包方同意，并符合《建筑法》第29条关于转包的规定；
  • 发包方自行完成：需结算承包方已完工程价款，并扣除相应费用；
  • 协商解除合同：双方就已完工程价款、违约金等达成一致。

3. 法律责任承担

• 承包方责任：若资质注销因承包方过错（如虚假申报、违规操作），需承担违约责任，包括赔偿发包方损失、支付违约金等。
• 发包方责任：若发包方明知承包方资质即将注销仍签订合同，可能被认定为“恶意串通”，需承担相应法律后果。
• 行政责任：根据《建筑业企业资质管理规定》第37条，企业隐瞒情况或提供虚假材料申请资质的，可能被处以罚款、吊销资质等处罚。

4. 实务建议

• 立即通知发包方：资质注销后，承包方应书面通知发包方，并附上注销证明文件，避免因未通知导致扩大损失。
• 固定证据：保存已完工程资料、付款凭证、沟通记录等，以备后续争议解决。
• 协商优先：通过协商解决工程交接、价款结算等问题，降低诉讼成本。

总结：建筑公司资质注销后，在建工程需根据合同约定、工程进度及法律规定综合处理。建议优先通过协商解决争议，若无法达成一致，可依法通过诉讼或仲裁解决。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。