针对您提出的问题，关于施工单位在施工过程中公司资质被吊销或自行注销后工程应如何处理，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确一点，施工单位的资质是其承接工程并保证工程质量的重要前提。当施工单位的资质被吊销或自行注销后，其法律上的履行能力将受到影响，无法继续合法地履行施工合同。

接下来，我们根据不同情况分析处理办法：

1. 承包人资质被降级但满足合同要求：

   • 如果施工单位的资质被降级，但降级后的资质仍然满足建设工程施工合同的要求，那么施工合同的效力不受影响，工程可以继续进行。
   • 如果施工合同中的计费标准与承包人的资质等级相关联，那么应根据降级后的资质等级相应调整计费标准。

2. 承包人资质被吊销或降级后不满足合同要求：

   • 在这种情况下，由于签订施工合同时承包人具备相应资质，因此施工合同本身应属有效。然而，由于承包人不再满足资质要求，其已不符合正在承建的工程资质要求，也不能确保所建工程质量达到原有资质水准。
   • 因此，无论工程是尚未开工还是处于施工过程中，只要尚未施工完毕，均应以承包人欠缺法律上的履行能力为由，考虑解除施工合同。
   • 解除合同后，发包人可以与具备相应资质的其他施工单位重新签订施工合同，以确保工程的顺利进行。

3. 资质被吊销或注销后的其他处理方式：

   • 如果项目已经接近完成或具备特殊性质，发包人与承包人可以协商采取其他措施，如申请办理暂定级资质证书（如果适用），以便继续完成工程。但这需要符合相关法律法规的规定，并经过相关部门的批准。
   • 另外，如果承包人因资质问题无法继续履行合同，且双方无法就合同解除或后续处理达成一致，那么可以通过法律途径解决争议。

综上所述，当施工单位的资质被吊销或自行注销后，应根据具体情况采取不同的处理方式。最重要的是要确保工程的合法性、安全性和质量，同时保护合同双方的合法权益。如果在此过程中遇到任何法律问题或争议，建议及时咨询专业律师或法律机构以获取更准确的法律意见和帮助。