对一个单位同时作出多个行政处罚时，行政机关应当遵循法定程序，确保处罚的合法性与合理性，具体操作要点如下：

1. 法律依据与处罚种类明确
   行政机关需依据《行政处罚法》及相关单行法律（如《环境保护法》《安全生产法》等）确定处罚种类。例如，对同一违法行为可能同时涉及罚款、责令停产停业、吊销许可证等。关键点：所有处罚种类必须有明确法律依据，不得超越法定权限。

2. “一事不再罚”原则的适用
   根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。但若违法行为违反多个法律规范，可由不同行政机关依据各自法律分别处罚（如环保部门罚款+市场监管部门吊销营业执照）。例外情形：若多个处罚针对同一违法行为的同一方面（如仅罚款），则违反“一事不再罚”；若针对不同方面（如罚款+责令整改），则合法。

3. 合并处罚的法定情形
   若单位存在多个独立违法行为（如未办理环评手续+超标排污），行政机关可分别立案、合并处罚。操作要点：

   • 每个违法行为需独立取证、认定；
     
   • 处罚决定书中应明确各违法事实及对应处罚种类；
     
   • 合并处罚时需说明法律依据（如《行政处罚法》第二十八条关于“数罪并罚”的类比适用）。

4. 处罚决定书的撰写规范
   行政机关应制作一份综合处罚决定书，内容需包括：

   • 当事人基本信息；
     
   • 违法事实（分项列举）；
     
   • 处罚依据（具体法律条款）；
     
   • 处罚种类及幅度（如“罚款人民币XX万元，责令停产整顿30日”）；
     
   • 履行方式及期限；
     
   • 救济途径（行政复议或行政诉讼的期限及机关）。
     示例：若企业同时违反《大气污染防治法》和《安全生产法》，决定书可写明“依据《大气污染防治法》第九十九条，处罚款XX万元；依据《安全生产法》第一百零九条，责令停产整顿”。

5. 程序合法性保障

   • 立案阶段：需分别立案或合并立案（视地方规定）；
     
   • 调查阶段：对每个违法行为独立取证；
     
   • 告知阶段：需向当事人告知所有拟处罚内容及依据；
     
   • 听证阶段：若当事人申请听证，需对所有处罚内容一并组织听证。

实务建议：行政机关在作出多个处罚时，应严格区分“同一违法行为”与“多个违法行为”，避免因程序或实体违法导致处罚被撤销。若对具体案件操作存疑，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细分析。