在合同纠纷中，若合同中既约定了固定数额的违约金，又约定了资金占用利息，那么在计算判决书时，我们通常会遵循以下原则和方法：
一、违约金与利息的分开计算
违约金：
- 违约金是合同中明确约定的，当一方违约时，需向守约方支付的特定金额。
- 其主要目的是弥补守约方因违约行为所遭受的损失。
- 违约金的数额和计算方式通常在合同中已有明确规定，应按照合同约定进行计算。
资金占用利息：
- 利息是根据借款、欠款或其他资金使用情况，按照一定利率计算出的资金使用成本。
- 利息的计算方式和期限也应在合同中明确约定，并按照约定进行计算。
二、计算原则
按照合同约定分别计算：
- 如果合同中明确约定了违约金的具体数额、计算方式，以及利息的利率和计算期限，那么应按照这些约定分别进行计算。
约定不明或有争议时的处理：
- 如果合同中的约定不明确，或者双方对违约金和利息的计算存在争议，那么可能需要依据具体的法律规定以及案件的实际情况进行判断和处理。
- 在这种情况下，法院或仲裁机构通常会以实际损失为基础，兼顾合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等综合因素，根据公平原则和诚实信用原则进行衡量并作出裁决。
三、合理性审查
违约金与利息的总和限制：
- 违约金和利息的约定不能过高，否则可能会被法院调整。
- 如果当事人主张的违约金和利息总和过高，过分高于违约行为所造成的损失，违约方可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
法院或仲裁机构的裁决依据：
- 法院或仲裁机构在裁决时，会综合考虑实际损失、合同履行情况、当事人过错程度以及预期利益等因素。
- 根据公平原则和诚实信用原则，对违约金和利息的总和进行合理性审查，并作出相应的裁决。
四、实际操作中的注意事项
明确合同条款：
- 在签订合同时，应尽可能明确违约金和利息的数额、计算方式以及计算期限等条款，以避免后续争议。
保留相关证据：
- 在合同履行过程中，应保留好与违约金和利息计算相关的证据，如付款凭证、利息计算表等，以便在发生纠纷时提供证明。
寻求专业法律意见：
- 如果对违约金和利息的计算存在疑问或争议，建议寻求专业法律意见，以确保自身权益得到保障。
综上所述，在合同纠纷中既约定了固定数额的违约金又约定了资金占用利息时，应按照合同约定分别进行计算，并注意违约金与利息总和的合理性审查。如果约定不明或有争议，应依据法律规定和案件实际情况进行判断和处理。