核心结论：项目违章建筑施工一半时，工程款的结算需根据具体情况，结合法律规定和合同约定来处理，通常有以下几种处理方式。

1. 合同效力与结算原则
   若施工合同因违反《建筑法》《城乡规划法》等强制性规定被认定为无效（如未取得施工许可证、规划许可等），根据《民法典》第793条，已完工部分若质量合格，可参照合同约定折价补偿；若质量不合格，则无权主张工程款。
   关键点：需通过质量鉴定确认已完工部分是否符合标准，这是结算的前提。

2. 行政处罚对结算的影响
   违章建筑可能面临责令停工、罚款、限期拆除等行政处罚。若工程被强制拆除，已完工部分可能因失去使用价值而无法主张全额工程款，但施工方仍可要求发包方支付实际发生的材料费、人工费等合理成本（需提供证据）。
   风险提示：若施工方明知违章仍继续施工，可能被认定为存在过错，影响赔偿比例。

3. 发包方与承包方的责任划分

   • 发包方责任：若发包方未办理合法手续导致违章，需承担主要过错责任，可能需支付已完工部分的合理费用。
     
   • 承包方责任：若承包方未尽到审查义务（如未核实发包方是否取得规划许可），可能被认定存在过错，需承担部分损失。
     建议：双方应协商分担损失，或通过诉讼由法院根据过错程度划分责任。

4. 实际施工人的特殊权利
   若承包方将工程转包或分包给无资质的实际施工人，根据《建设工程司法解释（一）》第43条，实际施工人可直接向发包方主张工程款（以发包方欠付承包方工程款为限），但需证明已完工部分质量合格。

行动建议：

1. 立即停止施工，避免扩大损失；
   
2. 整理施工合同、付款凭证、工程量清单等证据；
   
3. 委托专业机构对已完工部分进行质量鉴定；
   
4. 与发包方协商结算方案，或通过诉讼/仲裁解决争议。
   

温馨提示：违章建筑涉及多重法律风险，建议后续项目务必依法办理规划、施工许可等手续。如有进一步疑问，可直接向我提问。